142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1557 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 438 aa  901    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.8 
 
 		 433 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.96 
 
 		 433 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.51 
 
 		 434 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.12 
 
 		 432 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.96 
 
 		 433 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.12 
 
 		 432 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.48 
 
 		 433 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.07 
 
 		 431 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.41 
 
 		 434 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.44 
 
 		 461 aa  531  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.41 
 
 		 442 aa  521  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.07 
 
 		 468 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.42 
 
 		 448 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.42 
 
 		 448 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.67 
 
 		 429 aa  505  9.999999999999999e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.31 
 
 		 444 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.31 
 
 		 444 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.35 
 
 		 444 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.23 
 
 		 442 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  60 
 
 		 444 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  61 
 
 		 427 aa  502  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.58 
 
 		 444 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.66 
 
 		 448 aa  501  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.08 
 
 		 444 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.85 
 
 		 444 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.14 
 
 		 440 aa  500  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.99 
 
 		 441 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.61 
 
 		 448 aa  498  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.14 
 
 		 448 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.58 
 
 		 450 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.15 
 
 		 431 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.25 
 
 		 432 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 444 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.07 
 
 		 430 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.02 
 
 		 448 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.92 
 
 		 443 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.34 
 
 		 449 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.16 
 
 		 434 aa  461  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.34 
 
 		 448 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.22 
 
 		 448 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.88 
 
 		 448 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.72 
 
 		 448 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.3 
 
 		 452 aa  451  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.85 
 
 		 437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.26 
 
 		 455 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.61 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.15 
 
 		 453 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.98 
 
 		 450 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.92 
 
 		 454 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.83 
 
 		 454 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.23 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.19 
 
 		 443 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.96 
 
 		 453 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.53 
 
 		 429 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.54 
 
 		 416 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  50 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  50 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.27 
 
 		 451 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.68 
 
 		 453 aa  425  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.31 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.08 
 
 		 460 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.31 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  51.51 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.41 
 
 		 441 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  42.02 
 
 		 462 aa  330  3e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  43.31 
 
 		 494 aa  327  2.0000000000000001e-88  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  43.81 
 
 		 848 aa  313  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  40.52 
 
 		 458 aa  263  4e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  37.64 
 
 		 533 aa  250  3e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.18 
 
 		 372 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.15 
 
 		 385 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  24.93 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.46 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.64 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.25 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.36 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.34 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  26.36 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.51 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  27 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  25.45 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.76 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  26.09 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  24.19 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.51 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.4 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  24.53 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>