142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3547 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  77.04 
 
 		 460 aa  738    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  81.9 
 
 		 451 aa  786    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 453 aa  947    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 453 aa  947    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.27 
 
 		 453 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  68.02 
 
 		 453 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.1 
 
 		 451 aa  745    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.14 
 
 		 453 aa  628  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.6 
 
 		 448 aa  625  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.74 
 
 		 448 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.05 
 
 		 448 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.74 
 
 		 448 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.98 
 
 		 449 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.51 
 
 		 452 aa  600  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.38 
 
 		 453 aa  598  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.8 
 
 		 448 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.95 
 
 		 455 aa  593  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.42 
 
 		 450 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.19 
 
 		 453 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.9 
 
 		 429 aa  485  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.5 
 
 		 441 aa  485  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.87 
 
 		 427 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.23 
 
 		 430 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.04 
 
 		 448 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.88 
 
 		 440 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.04 
 
 		 448 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.79 
 
 		 448 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.36 
 
 		 468 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.62 
 
 		 444 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.62 
 
 		 444 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.39 
 
 		 444 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.38 
 
 		 432 aa  471  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.18 
 
 		 444 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 444 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.94 
 
 		 444 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.85 
 
 		 448 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.39 
 
 		 444 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.85 
 
 		 448 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.95 
 
 		 450 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.46 
 
 		 454 aa  458  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.73 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.35 
 
 		 437 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.29 
 
 		 434 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.27 
 
 		 442 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.55 
 
 		 442 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.04 
 
 		 431 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.86 
 
 		 443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.34 
 
 		 431 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.59 
 
 		 454 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.28 
 
 		 432 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.05 
 
 		 432 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.7 
 
 		 434 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  47.98 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.91 
 
 		 433 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.51 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.51 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.12 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.04 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.77 
 
 		 434 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  50 
 
 		 438 aa  422  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  48.48 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  48.6 
 
 		 448 aa  404  1e-111  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.48 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.48 
 
 		 416 aa  389  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.84 
 
 		 429 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  41.18 
 
 		 462 aa  359  7e-98  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  41.69 
 
 		 494 aa  328  2.0000000000000001e-88  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  41.35 
 
 		 848 aa  322  7e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  40.4 
 
 		 458 aa  284  3.0000000000000004e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  35.49 
 
 		 533 aa  276  6e-73  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.02 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.63 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.46 
 
 		 386 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  27.74 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  26.83 
 
 		 394 aa  70.1  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  26.79 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  25.28 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.4 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  27.15 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.08 
 
 		 386 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.23 
 
 		 385 aa  68.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  23.45 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.9 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.15 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.15 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.59 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  27.05 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  27.05 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  26.71 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  25.24 
 
 		 406 aa  66.6  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  25.95 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.25 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  24.84 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  22.03 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>