139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1043 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  71.93 
 
 
448 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.13 
 
 
448 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.13 
 
 
448 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.78 
 
 
448 aa  662    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  80.84 
 
 
452 aa  740    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  70 
 
 
449 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.49 
 
 
453 aa  766    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  84.35 
 
 
453 aa  761    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 
450 aa  929    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.58 
 
 
448 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.44 
 
 
455 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.42 
 
 
453 aa  587  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.42 
 
 
453 aa  587  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.73 
 
 
453 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.29 
 
 
460 aa  579  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.57 
 
 
451 aa  579  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.25 
 
 
453 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.11 
 
 
451 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.87 
 
 
453 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.02 
 
 
427 aa  511  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.63 
 
 
444 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.63 
 
 
444 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.84 
 
 
448 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.86 
 
 
444 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.88 
 
 
440 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.84 
 
 
448 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.58 
 
 
468 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.35 
 
 
444 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.63 
 
 
444 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.63 
 
 
444 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.14 
 
 
448 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.31 
 
 
429 aa  503  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.16 
 
 
444 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.59 
 
 
448 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.19 
 
 
442 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.67 
 
 
448 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.25 
 
 
431 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.71 
 
 
430 aa  495  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.12 
 
 
450 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.11 
 
 
434 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
444 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.29 
 
 
442 aa  491  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.18 
 
 
437 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.07 
 
 
441 aa  489  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.44 
 
 
443 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.8 
 
 
432 aa  482  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.55 
 
 
454 aa  478  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.41 
 
 
431 aa  475  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.21 
 
 
454 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.15 
 
 
432 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.92 
 
 
432 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.04 
 
 
433 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.81 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.04 
 
 
433 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.78 
 
 
461 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 
433 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.24 
 
 
434 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.77 
 
 
434 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.26 
 
 
443 aa  451  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  52.2 
 
 
448 aa  439  9.999999999999999e-123  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.98 
 
 
438 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.82 
 
 
429 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.2 
 
 
441 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.12 
 
 
416 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.36 
 
 
416 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  44.37 
 
 
462 aa  370  1e-101  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  44.67 
 
 
494 aa  348  8e-95  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  42.76 
 
 
848 aa  334  2e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  40.77 
 
 
458 aa  313  4.999999999999999e-84  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  38.68 
 
 
533 aa  264  3e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  26.91 
 
 
394 aa  79.7  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.74 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  26.79 
 
 
389 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.42 
 
 
386 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  24.19 
 
 
385 aa  73.6  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  26.81 
 
 
384 aa  72.8  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.28 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.05 
 
 
386 aa  72.8  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  26.55 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.13 
 
 
390 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  25 
 
 
385 aa  71.6  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  25.77 
 
 
395 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.3 
 
 
385 aa  71.2  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.4 
 
 
386 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.13 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  24.56 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  28.79 
 
 
406 aa  70.1  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.52 
 
 
392 aa  70.1  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  26.16 
 
 
390 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.13 
 
 
390 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.13 
 
 
390 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.52 
 
 
390 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.27 
 
 
386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.52 
 
 
390 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>