144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003654 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 364 aa  764    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  83.47 
 
 		 378 aa  659    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  94.51 
 
 		 376 aa  730    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.99 
 
 		 379 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.94 
 
 		 372 aa  464  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  33.15 
 
 		 390 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  32.72 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  32.42 
 
 		 390 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  32.69 
 
 		 392 aa  187  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  32.69 
 
 		 390 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1897  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.81 
 
 		 363 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  32.42 
 
 		 390 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  35.23 
 
 		 390 aa  186  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  32.42 
 
 		 390 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0957  homogentisate 12-dioxygenase  34.38 
 
 		 373 aa  186  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  32.42 
 
 		 390 aa  186  7e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  34.9 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  32.14 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  34.9 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0812  homogentisate 12-dioxygenase  34.23 
 
 		 393 aa  181  2e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.25 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  31.3 
 
 		 385 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4463  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.74 
 
 		 367 aa  176  7e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  34.23 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  30.24 
 
 		 394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  34.23 
 
 		 386 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  29.82 
 
 		 384 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.49 
 
 		 385 aa  173  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  34 
 
 		 386 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  32.11 
 
 		 389 aa  172  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  33.56 
 
 		 386 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  32.73 
 
 		 397 aa  172  9e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3805  homogentisate 12-dioxygenase  31.98 
 
 		 388 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00200515  normal  0.427722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  169  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  31.93 
 
 		 395 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1561  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.53 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2106  homogentisate 12-dioxygenase  35.54 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0415029  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  33.56 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0088  homogentisate 12-dioxygenase  36.07 
 
 		 400 aa  166  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.22 
 
 		 386 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1591  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.97 
 
 		 368 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1615  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.97 
 
 		 368 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.904651 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  33.67 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.83 
 
 		 399 aa  162  7e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  31.54 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  31.58 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.11 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  30.65 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  30.73 
 
 		 396 aa  159  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.81 
 
 		 406 aa  159  8e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  32.04 
 
 		 406 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.3 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  30.91 
 
 		 401 aa  157  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4258  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.65 
 
 		 388 aa  155  7e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0597877 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  30.57 
 
 		 399 aa  155  8e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  29.38 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.95 
 
 		 404 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  34.89 
 
 		 407 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3485  homogentisate 12-dioxygenase  30.11 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.93 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  30.93 
 
 		 385 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  30.93 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2093  Homogentisate 1 2-dioxygenase-like protein  28.15 
 
 		 393 aa  84.3  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.6516  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.41 
 
 		 449 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.22 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.09 
 
 		 455 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.87 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 448 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.22 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.75 
 
 		 448 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.66 
 
 		 448 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.59 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.59 
 
 		 448 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.15 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.24 
 
 		 448 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.41 
 
 		 441 aa  73.9  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.26 
 
 		 468 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.1 
 
 		 448 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.1 
 
 		 448 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.15 
 
 		 442 aa  69.3  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.21 
 
 		 431 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.47 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  21.73 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  21.73 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.76 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.75 
 
 		 429 aa  67  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.61 
 
 		 448 aa  66.6  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.44 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.22 
 
 		 454 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  22.77 
 
 		 494 aa  63.2  0.000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.57 
 
 		 443 aa  62.8  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.45 
 
 		 429 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.03 
 
 		 448 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.2 
 
 		 448 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>