144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0907 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  72.83 
 
 		 453 aa  669    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 448 aa  932    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  87.72 
 
 		 448 aa  830    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  93.97 
 
 		 448 aa  887    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  85.04 
 
 		 448 aa  805    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  91.96 
 
 		 448 aa  872    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  72.04 
 
 		 452 aa  682    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  71.93 
 
 		 450 aa  654    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  68.42 
 
 		 453 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.26 
 
 		 449 aa  787    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.27 
 
 		 455 aa  669    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  71.06 
 
 		 453 aa  637    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.73 
 
 		 453 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.44 
 
 		 453 aa  618  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.82 
 
 		 451 aa  613  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.74 
 
 		 453 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.74 
 
 		 453 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.16 
 
 		 460 aa  607  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.05 
 
 		 451 aa  595  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.52 
 
 		 427 aa  521  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.81 
 
 		 429 aa  518  1e-146  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.33 
 
 		 468 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.19 
 
 		 442 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.63 
 
 		 430 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  60 
 
 		 448 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  60 
 
 		 448 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.9 
 
 		 444 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.9 
 
 		 444 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.92 
 
 		 444 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.9 
 
 		 444 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.53 
 
 		 432 aa  511  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.37 
 
 		 444 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.03 
 
 		 440 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.58 
 
 		 448 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.22 
 
 		 444 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.68 
 
 		 444 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.45 
 
 		 448 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.28 
 
 		 441 aa  504  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.87 
 
 		 448 aa  500  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.88 
 
 		 442 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.03 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.54 
 
 		 454 aa  497  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.11 
 
 		 437 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.31 
 
 		 434 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 444 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.34 
 
 		 432 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.92 
 
 		 454 aa  490  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.78 
 
 		 443 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.11 
 
 		 432 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.61 
 
 		 431 aa  475  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.07 
 
 		 431 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.01 
 
 		 433 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.8 
 
 		 434 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.06 
 
 		 434 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.67 
 
 		 461 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.99 
 
 		 433 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.61 
 
 		 433 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.21 
 
 		 443 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.4 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.88 
 
 		 438 aa  458  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.84 
 
 		 441 aa  438  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  50.57 
 
 		 448 aa  426  1e-118  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.88 
 
 		 429 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.12 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.88 
 
 		 416 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  44.6 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  45.02 
 
 		 494 aa  358  9.999999999999999e-98  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.11 
 
 		 848 aa  347  3e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  41.49 
 
 		 458 aa  311  2e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  35.67 
 
 		 533 aa  259  5.0000000000000005e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.6 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  24.13 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  26.25 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.29 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.66 
 
 		 364 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  27.14 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  28.91 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.39 
 
 		 385 aa  72.8  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.03 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.28 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.1 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  25.76 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.89 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.55 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  25.53 
 
 		 401 aa  69.3  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.07 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.07 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  26.53 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.28 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  26.28 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  26.28 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.33 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.33 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.33 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>