144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3864 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 
442 aa  904    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.63 
 
 
427 aa  618  1e-176  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.21 
 
 
448 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.21 
 
 
448 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.61 
 
 
441 aa  581  1.0000000000000001e-165  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.82 
 
 
444 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.81 
 
 
432 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.58 
 
 
432 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.99 
 
 
431 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.89 
 
 
444 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.12 
 
 
444 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.89 
 
 
444 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.12 
 
 
444 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.46 
 
 
433 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.43 
 
 
448 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.19 
 
 
432 aa  570  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.35 
 
 
433 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.43 
 
 
433 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.51 
 
 
434 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.46 
 
 
433 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.42 
 
 
444 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.42 
 
 
444 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.39 
 
 
461 aa  564  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.18 
 
 
434 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.96 
 
 
431 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.96 
 
 
448 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.99 
 
 
468 aa  555  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.49 
 
 
442 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.35 
 
 
429 aa  557  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.25 
 
 
440 aa  557  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.47 
 
 
450 aa  551  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
444 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.24 
 
 
450 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.93 
 
 
443 aa  546  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.5 
 
 
448 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.41 
 
 
438 aa  521  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.14 
 
 
448 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.29 
 
 
434 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.3 
 
 
437 aa  505  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.91 
 
 
448 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.31 
 
 
448 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.88 
 
 
448 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.73 
 
 
452 aa  501  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.89 
 
 
454 aa  497  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.65 
 
 
448 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.41 
 
 
453 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.53 
 
 
430 aa  495  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 
454 aa  492  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.29 
 
 
450 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.61 
 
 
449 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 
453 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.97 
 
 
453 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.97 
 
 
455 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.45 
 
 
443 aa  486  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.02 
 
 
453 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.52 
 
 
453 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.55 
 
 
453 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.55 
 
 
453 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.294103 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  56.1 
 
 
448 aa  450  1e-125  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.22 
 
 
416 aa  449  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.86 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.12 
 
 
429 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.13 
 
 
451 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.93 
 
 
451 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.95 
 
 
460 aa  431  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.18 
 
 
441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  45.69 
 
 
494 aa  365  1e-99  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.93 
 
 
848 aa  363  3e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  46.15 
 
 
462 aa  362  5.0000000000000005e-99  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  42.17 
 
 
458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  39.64 
 
 
533 aa  290  4e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  28.31 
 
 
397 aa  83.2  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.25 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  29.33 
 
 
402 aa  75.5  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  24.94 
 
 
385 aa  73.9  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  27.3 
 
 
394 aa  73.9  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  26.6 
 
 
389 aa  73.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  26.14 
 
 
396 aa  70.5  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  29.2 
 
 
406 aa  69.7  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.25 
 
 
385 aa  68.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  27.27 
 
 
399 aa  67  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.92 
 
 
386 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  26.83 
 
 
407 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  27 
 
 
434 aa  64.7  0.000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 
364 aa  64.3  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  24.91 
 
 
378 aa  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.05 
 
 
379 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  26.53 
 
 
388 aa  63.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.26 
 
 
386 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  24.07 
 
 
386 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.37 
 
 
406 aa  63.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  24.57 
 
 
376 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.69 
 
 
390 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.5 
 
 
392 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  23.7 
 
 
386 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>