136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3812 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.48 
 
 		 460 aa  814    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  86.47 
 
 		 451 aa  831    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.1 
 
 		 453 aa  745    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.1 
 
 		 453 aa  745    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 451 aa  945    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.54 
 
 		 453 aa  618  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.32 
 
 		 453 aa  614  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.15 
 
 		 453 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.32 
 
 		 448 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.05 
 
 		 448 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.76 
 
 		 448 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.03 
 
 		 455 aa  588  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.73 
 
 		 448 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.88 
 
 		 448 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.09 
 
 		 449 aa  584  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  65.11 
 
 		 450 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.19 
 
 		 453 aa  565  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.7 
 
 		 452 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  62 
 
 		 453 aa  535  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.94 
 
 		 429 aa  474  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 		 440 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.38 
 
 		 444 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.38 
 
 		 444 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.23 
 
 		 430 aa  463  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.13 
 
 		 444 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.88 
 
 		 444 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.9 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.15 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.25 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.12 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.97 
 
 		 468 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.92 
 
 		 427 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.12 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.58 
 
 		 448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.08 
 
 		 448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.08 
 
 		 448 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.6 
 
 		 441 aa  449  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.01 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 444 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.78 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.53 
 
 		 437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.26 
 
 		 432 aa  445  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.21 
 
 		 431 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.16 
 
 		 442 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.52 
 
 		 434 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.33 
 
 		 454 aa  440  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.34 
 
 		 434 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.96 
 
 		 431 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.52 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.93 
 
 		 442 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.52 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.82 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.93 
 
 		 433 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.66 
 
 		 443 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.17 
 
 		 433 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.52 
 
 		 443 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.17 
 
 		 433 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.05 
 
 		 434 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.82 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.27 
 
 		 438 aa  423  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  48.34 
 
 		 441 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.43 
 
 		 461 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  46.28 
 
 		 448 aa  373  1e-102  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.84 
 
 		 416 aa  368  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.84 
 
 		 416 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  43.94 
 
 		 429 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  40.09 
 
 		 462 aa  331  1e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  40.8 
 
 		 494 aa  322  8e-87  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  40.79 
 
 		 848 aa  301  1e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  39.71 
 
 		 458 aa  271  1e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 533 aa  242  1e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.51 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.75 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  21.75 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.42 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.45 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.18 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.27 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.36 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  27.36 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  24.54 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  26.49 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  25.89 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  27.89 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  23.53 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.1 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.12 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  27.39 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  26.97 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  24.5 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  24.57 
 
 		 386 aa  62.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.1 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.97 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.21 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>