141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02539 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 454 aa  952    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  69.98 
 
 		 430 aa  638    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.21 
 
 		 429 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.98 
 
 		 427 aa  508  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.48 
 
 		 449 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.25 
 
 		 448 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.24 
 
 		 448 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.21 
 
 		 452 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.74 
 
 		 441 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.74 
 
 		 443 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.4 
 
 		 432 aa  494  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.16 
 
 		 448 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.45 
 
 		 448 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 		 442 aa  492  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.45 
 
 		 448 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.23 
 
 		 448 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.92 
 
 		 448 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.24 
 
 		 448 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  56 
 
 		 448 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 		 444 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.14 
 
 		 448 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.57 
 
 		 434 aa  485  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.44 
 
 		 444 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 		 444 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.44 
 
 		 444 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.21 
 
 		 453 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.29 
 
 		 453 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.97 
 
 		 453 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.71 
 
 		 444 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.74 
 
 		 444 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.87 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.76 
 
 		 453 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.57 
 
 		 453 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.4 
 
 		 440 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.88 
 
 		 434 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.45 
 
 		 468 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.16 
 
 		 450 aa  478  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.77 
 
 		 431 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.55 
 
 		 437 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.56 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.55 
 
 		 450 aa  478  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.56 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.29 
 
 		 444 aa  480  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.97 
 
 		 444 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.38 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.6 
 
 		 454 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.61 
 
 		 455 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 		 431 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.56 
 
 		 442 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.76 
 
 		 443 aa  467  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.92 
 
 		 461 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.46 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.46 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.3 
 
 		 433 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.83 
 
 		 433 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  52.59 
 
 		 433 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.3 
 
 		 433 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.93 
 
 		 460 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.33 
 
 		 451 aa  440  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.12 
 
 		 451 aa  435  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.92 
 
 		 438 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  51.16 
 
 		 448 aa  422  1e-117  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.71 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.48 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.42 
 
 		 441 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.37 
 
 		 429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  46.94 
 
 		 462 aa  364  2e-99  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  43.16 
 
 		 848 aa  353  2.9999999999999997e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  43.7 
 
 		 494 aa  352  7e-96  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  39.19 
 
 		 458 aa  289  6e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  40.7 
 
 		 533 aa  288  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  30.22 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  25.49 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  27.11 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  26.45 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  26.89 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.75 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.73 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.25 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.25 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.25 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  24.38 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  23.14 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  26.28 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  25.42 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  25.42 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.74 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  24.86 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.17 
 
 		 386 aa  63.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.24 
 
 		 386 aa  63.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>