140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07000 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  83.8 
 
 		 399 aa  691    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 399 aa  817    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  77.02 
 
 		 402 aa  636    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  75.5 
 
 		 401 aa  627  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  74.88 
 
 		 404 aa  614  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.79 
 
 		 406 aa  607  9.999999999999999e-173  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.24 
 
 		 434 aa  587  1e-167  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  71.25 
 
 		 406 aa  590  1e-167  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  72.7 
 
 		 407 aa  574  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  68.42 
 
 		 395 aa  552  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  63.87 
 
 		 394 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0088  homogentisate 12-dioxygenase  63.52 
 
 		 400 aa  510  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4258  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.67 
 
 		 388 aa  508  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0597877 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  65.82 
 
 		 388 aa  506  9.999999999999999e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  61.4 
 
 		 389 aa  480  1e-134  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  58.27 
 
 		 397 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0812  homogentisate 12-dioxygenase  53.15 
 
 		 393 aa  410  1e-113  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  46.46 
 
 		 390 aa  362  9e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  46.46 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.21 
 
 		 390 aa  360  2e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  46.17 
 
 		 390 aa  359  4e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.96 
 
 		 390 aa  359  6e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.96 
 
 		 390 aa  358  8e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.96 
 
 		 390 aa  358  9e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.96 
 
 		 390 aa  358  9e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.96 
 
 		 390 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  47.46 
 
 		 385 aa  357  9.999999999999999e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  45.96 
 
 		 390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  45.71 
 
 		 390 aa  355  5.999999999999999e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3805  homogentisate 12-dioxygenase  48 
 
 		 388 aa  354  1e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00200515  normal  0.427722 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  47.74 
 
 		 385 aa  354  2e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  46.87 
 
 		 385 aa  352  8.999999999999999e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2106  homogentisate 12-dioxygenase  44.84 
 
 		 385 aa  314  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0415029  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  42.82 
 
 		 386 aa  313  2.9999999999999996e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.22 
 
 		 385 aa  308  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  42.75 
 
 		 396 aa  305  6e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  38 
 
 		 386 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.25 
 
 		 386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.75 
 
 		 386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  38.5 
 
 		 386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.29 
 
 		 386 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  38.5 
 
 		 386 aa  285  7e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  38.5 
 
 		 386 aa  285  9e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  39.6 
 
 		 386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  38.25 
 
 		 386 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  39 
 
 		 386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  38.25 
 
 		 386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  38.96 
 
 		 386 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.55 
 
 		 386 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  38.58 
 
 		 386 aa  281  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  38.54 
 
 		 384 aa  270  5e-71  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  40.1 
 
 		 385 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  39.85 
 
 		 385 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  40.1 
 
 		 385 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3485  homogentisate 12-dioxygenase  40.77 
 
 		 385 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  38.3 
 
 		 389 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  30.23 
 
 		 378 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  32.28 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  31.73 
 
 		 376 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.16 
 
 		 379 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.83 
 
 		 364 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0957  homogentisate 12-dioxygenase  33.53 
 
 		 373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1591  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.46 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1615  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.46 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.904651 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1561  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.19 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1897  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.36 
 
 		 363 aa  123  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4463  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.45 
 
 		 367 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.100375 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  24.61 
 
 		 448 aa  73.6  0.000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.75 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.16 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.74 
 
 		 454 aa  64.3  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  25 
 
 		 437 aa  63.5  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.16 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.05 
 
 		 434 aa  63.2  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.12 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.83 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.94 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.06 
 
 		 442 aa  60.8  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.77 
 
 		 454 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.77 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.35 
 
 		 453 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.7 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.71 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.6 
 
 		 434 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.68 
 
 		 448 aa  56.2  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.36 
 
 		 452 aa  56.2  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.51 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.71 
 
 		 431 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.59 
 
 		 429 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.82 
 
 		 455 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.57 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.42 
 
 		 453 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.34 
 
 		 431 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.03 
 
 		 448 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.82 
 
 		 434 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.65 
 
 		 442 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  25 
 
 		 448 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.57 
 
 		 453 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.63 
 
 		 416 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.97 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>