143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1107 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.8 
 
 
399 aa  691    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  100 
 
 
399 aa  818    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  71.68 
 
 
402 aa  595  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  70.78 
 
 
401 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.2 
 
 
406 aa  577  1.0000000000000001e-163  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  71.36 
 
 
404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  72.16 
 
 
407 aa  556  1e-157  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  66.42 
 
 
406 aa  541  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.75 
 
 
434 aa  538  9.999999999999999e-153  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  65.26 
 
 
395 aa  531  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  66.67 
 
 
388 aa  519  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4258  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.18 
 
 
388 aa  510  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0597877 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  62.85 
 
 
394 aa  504  1e-141  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0088  homogentisate 12-dioxygenase  63.41 
 
 
400 aa  495  1e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  60.15 
 
 
389 aa  467  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  56.58 
 
 
397 aa  437  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0812  homogentisate 12-dioxygenase  53.27 
 
 
393 aa  410  1e-113  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  49.24 
 
 
385 aa  362  9e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.82 
 
 
390 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.82 
 
 
392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  45.82 
 
 
390 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  354  1e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  355  1e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3805  homogentisate 12-dioxygenase  50.38 
 
 
388 aa  354  1e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00200515  normal  0.427722 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  353  2e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  353  2e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  353  2e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.32 
 
 
390 aa  354  2e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  45.32 
 
 
390 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  45.06 
 
 
390 aa  352  8e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  46.73 
 
 
385 aa  342  5e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  45.71 
 
 
385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  43.83 
 
 
386 aa  309  5e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2106  homogentisate 12-dioxygenase  44.47 
 
 
385 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0415029  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  43.28 
 
 
396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.08 
 
 
385 aa  303  4.0000000000000003e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  40.9 
 
 
386 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  41.15 
 
 
386 aa  291  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  40.9 
 
 
386 aa  289  7e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  40.65 
 
 
386 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  40.2 
 
 
386 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  38.6 
 
 
386 aa  288  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  39.35 
 
 
386 aa  288  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  39.15 
 
 
386 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.15 
 
 
386 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  39.15 
 
 
386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  38.65 
 
 
386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  38.9 
 
 
386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  38.39 
 
 
386 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.34 
 
 
386 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  37.28 
 
 
384 aa  263  3e-69  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  39.79 
 
 
385 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  39.53 
 
 
385 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.79 
 
 
385 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3485  homogentisate 12-dioxygenase  40.26 
 
 
385 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  37.5 
 
 
389 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  30.83 
 
 
378 aa  166  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  34.13 
 
 
379 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  32.45 
 
 
372 aa  159  9e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.57 
 
 
364 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  31.44 
 
 
376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1591  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.6 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1615  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.6 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.904651 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1897  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.92 
 
 
363 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1561  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.07 
 
 
368 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0957  homogentisate 12-dioxygenase  32.02 
 
 
373 aa  123  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4463  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.76 
 
 
367 aa  123  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.100375 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  25.81 
 
 
448 aa  75.9  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.17 
 
 
437 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.91 
 
 
443 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.01 
 
 
454 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.89 
 
 
429 aa  67  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.27 
 
 
442 aa  67  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.28 
 
 
454 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.36 
 
 
427 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.17 
 
 
430 aa  63.5  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.87 
 
 
434 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.55 
 
 
452 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.89 
 
 
453 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.49 
 
 
448 aa  60.8  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.65 
 
 
453 aa  60.1  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.38 
 
 
453 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.4 
 
 
442 aa  59.7  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.78 
 
 
449 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.55 
 
 
448 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.27 
 
 
441 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.13 
 
 
450 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.05 
 
 
455 aa  57.4  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.95 
 
 
468 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.52 
 
 
431 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  25.14 
 
 
462 aa  55.1  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.05 
 
 
434 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.37 
 
 
429 aa  55.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.37 
 
 
444 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.19 
 
 
453 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.12 
 
 
433 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.74 
 
 
848 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.37 
 
 
448 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.24 
 
 
432 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.37 
 
 
444 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>