142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1963 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  100 
 
 		 386 aa  812    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  85.75 
 
 		 386 aa  714    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  97.41 
 
 		 386 aa  793    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  97.67 
 
 		 386 aa  795    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  84.72 
 
 		 386 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  97.41 
 
 		 386 aa  791    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  87.82 
 
 		 386 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  93.01 
 
 		 386 aa  767    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  85.49 
 
 		 386 aa  723    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  93.26 
 
 		 386 aa  769    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  93.01 
 
 		 386 aa  766    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  92.49 
 
 		 386 aa  766    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  83.68 
 
 		 386 aa  703    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  93.01 
 
 		 386 aa  768    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.99 
 
 		 392 aa  365  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  363  2e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.99 
 
 		 390 aa  364  2e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  363  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  363  3e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  363  3e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  362  4e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  363  4e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  45.43 
 
 		 390 aa  362  4e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  45.43 
 
 		 390 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  44.65 
 
 		 390 aa  362  9e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  48.06 
 
 		 385 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3805  homogentisate 12-dioxygenase  47.52 
 
 		 388 aa  360  3e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00200515  normal  0.427722 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  46.91 
 
 		 385 aa  353  2e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  45.34 
 
 		 385 aa  348  8e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.27 
 
 		 386 aa  343  2e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  43.78 
 
 		 384 aa  330  3e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  43.94 
 
 		 396 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2106  homogentisate 12-dioxygenase  45.48 
 
 		 385 aa  324  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0415029  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.25 
 
 		 385 aa  323  3e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  42.57 
 
 		 397 aa  305  6e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  41.83 
 
 		 401 aa  300  4e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  42.2 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  42.21 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  40.25 
 
 		 389 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0088  homogentisate 12-dioxygenase  39.65 
 
 		 400 aa  291  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0812  homogentisate 12-dioxygenase  41.43 
 
 		 393 aa  290  4e-77  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  40.9 
 
 		 399 aa  289  7e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  41.41 
 
 		 407 aa  286  5e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.6 
 
 		 399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  40.1 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  41.04 
 
 		 402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  39.81 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  38.38 
 
 		 394 aa  276  5e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  38.59 
 
 		 406 aa  275  8e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  39.57 
 
 		 388 aa  263  4e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4258  homogentisate 1,2-dioxygenase  41.18 
 
 		 388 aa  262  6.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0597877 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  37.76 
 
 		 385 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  37.76 
 
 		 385 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  37.76 
 
 		 385 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  36.5 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3485  homogentisate 12-dioxygenase  36.72 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.67 
 
 		 364 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  34.55 
 
 		 378 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  34.67 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  30.75 
 
 		 379 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  32.15 
 
 		 372 aa  153  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0957  homogentisate 12-dioxygenase  28.32 
 
 		 373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4463  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.56 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1897  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.86 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1591  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.7 
 
 		 368 aa  107  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1615  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.7 
 
 		 368 aa  107  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.904651 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1561  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.42 
 
 		 368 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.82 
 
 		 431 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.64 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.88 
 
 		 429 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.65 
 
 		 454 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.5 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 444 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 444 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  25.35 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.1 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.52 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.06 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.36 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.81 
 
 		 437 aa  69.7  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.92 
 
 		 441 aa  69.7  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.19 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.7 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.15 
 
 		 453 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.15 
 
 		 453 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.52 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.5 
 
 		 448 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.78 
 
 		 453 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.3 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.99 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.87 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>