More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5058 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 247 aa  504  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1441  LytTR family two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.02 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.83 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1630  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6068  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 248 aa  88.6  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  26.36 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.22 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.531352 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.55 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1287  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.692184 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08681  transcriptional regulator  25.42 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.803849  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  33.78 
 
 		 429 aa  76.3  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  27.56 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  27.56 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0191  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.20678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  27.56 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  27.56 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  33.85 
 
 		 130 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.59 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  27.56 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2337  signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.56 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.91 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  37.4 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  26.76 
 
 		 268 aa  73.2  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  30 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  25.3 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  35.2 
 
 		 340 aa  72  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  37.5 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  26.45 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3003  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 498 aa  70.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.82 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 953 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.9 
 
 		 650 aa  70.5  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  27.41 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 		 603 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  35.66 
 
 		 474 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.81 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  26 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.73 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4302  signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219335  normal  0.321802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.7 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  33.76 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0434  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 		 458 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  32.03 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.68 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  24.34 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  27.88 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.41 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  34.4 
 
 		 798 aa  67.8  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.44 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 591 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  23.74 
 
 		 275 aa  67  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 249 aa  67  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  26.6 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.86 
 
 		 471 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 		 336 aa  66.2  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  26.17 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 384 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  35.48 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  24.11 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 450 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  27.47 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.67 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.55 
 
 		 701 aa  65.9  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 817 aa  65.9  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  26.29 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.37 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 		 989 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 		 472 aa  65.1  0.0000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0883  response regulator receiver  29.79 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  23.4 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.48 
 
 		 582 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3510  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 		 521 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.269968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>