More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1514 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1514  rhomboid family protein  100 
 
 		 639 aa  1287    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.73 
 
 		 625 aa  204  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  29.6 
 
 		 625 aa  204  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  29.6 
 
 		 625 aa  204  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  29.73 
 
 		 625 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  29.37 
 
 		 625 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  36.45 
 
 		 541 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.86 
 
 		 365 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  35.6 
 
 		 547 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  35.08 
 
 		 541 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  34.18 
 
 		 523 aa  103  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  35.9 
 
 		 356 aa  102  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  34.47 
 
 		 327 aa  100  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  36.31 
 
 		 248 aa  100  9e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.03 
 
 		 519 aa  100  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 513 aa  100  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  36.17 
 
 		 376 aa  99.4  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  37.98 
 
 		 554 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  39.6 
 
 		 371 aa  98.6  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  37.85 
 
 		 283 aa  96.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  36.63 
 
 		 348 aa  96.3  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  38.46 
 
 		 358 aa  94  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  35.47 
 
 		 386 aa  94  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 342 aa  90.9  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 342 aa  90.9  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  37.32 
 
 		 292 aa  90.5  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  36.42 
 
 		 511 aa  90.1  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 520 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 525 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 520 aa  88.6  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  37.56 
 
 		 293 aa  87.4  8e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.72 
 
 		 389 aa  87  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.65 
 
 		 226 aa  87  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  25.26 
 
 		 1667 aa  85.1  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  36.32 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  30.26 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  32.46 
 
 		 528 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 286 aa  83.2  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.66 
 
 		 303 aa  83.6  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  31.55 
 
 		 235 aa  82.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  31.55 
 
 		 235 aa  82.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.77 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  35.27 
 
 		 284 aa  82.4  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  32.88 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  40.52 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.5 
 
 		 689 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.29 
 
 		 287 aa  80.5  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  37.65 
 
 		 286 aa  79.3  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.43 
 
 		 580 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  38.83 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  32.62 
 
 		 224 aa  79.3  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.15 
 
 		 752 aa  79  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  28.46 
 
 		 225 aa  79  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  34.21 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  35.27 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  35.27 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  35.27 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  38.92 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 198 aa  78.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  28.93 
 
 		 819 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  36.11 
 
 		 282 aa  76.3  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  34.18 
 
 		 381 aa  75.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  36.11 
 
 		 228 aa  76.3  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  34.84 
 
 		 515 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  32.11 
 
 		 569 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  37.84 
 
 		 360 aa  75.5  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  27.5 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  36.47 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.5 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  33.18 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.85 
 
 		 1094 aa  73.6  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  28.76 
 
 		 487 aa  73.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  28.76 
 
 		 487 aa  73.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  36.07 
 
 		 201 aa  72.8  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  34.08 
 
 		 291 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  36.09 
 
 		 228 aa  72.8  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  39.67 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  24.36 
 
 		 486 aa  71.6  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.21 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  34.68 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.23 
 
 		 354 aa  70.1  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  30.85 
 
 		 489 aa  70.1  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  31.55 
 
 		 292 aa  70.1  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  32.9 
 
 		 313 aa  70.5  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  35.62 
 
 		 238 aa  69.3  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  31.36 
 
 		 236 aa  69.3  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  26.9 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.24 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  34.4 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  30.65 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.88 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.94 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  31.6 
 
 		 279 aa  67  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  26.05 
 
 		 810 aa  67  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  31.41 
 
 		 253 aa  66.2  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48028  predicted protein  27.31 
 
 		 522 aa  65.9  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 303 aa  66.2  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  36.25 
 
 		 275 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>