More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5277 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  100 
 
 
251 aa  511  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.52 
 
 
252 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.07 
 
 
254 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.54 
 
 
253 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.31 
 
 
256 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
255 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.45 
 
 
254 aa  323  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
262 aa  319  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
250 aa  319  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
251 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
253 aa  318  7e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 
249 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.96 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
250 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
254 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
258 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
249 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
254 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
253 aa  302  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
252 aa  301  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.6 
 
 
251 aa  299  3e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
249 aa  293  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
254 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
254 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
252 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 
247 aa  289  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
254 aa  289  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
249 aa  288  6e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
252 aa  288  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.45 
 
 
252 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
252 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.94 
 
 
252 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
252 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
254 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
258 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.57 
 
 
252 aa  275  4e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
256 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.62 
 
 
256 aa  274  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
252 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
252 aa  272  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
252 aa  272  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
252 aa  268  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
250 aa  266  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
252 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
252 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
252 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
253 aa  254  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.98 
 
 
247 aa  253  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
251 aa  245  6e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.58 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
245 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  47.98 
 
 
635 aa  224  7e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
245 aa  225  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
257 aa  224  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  45.14 
 
 
259 aa  223  2e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.92 
 
 
254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  49.39 
 
 
243 aa  208  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
259 aa  206  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
247 aa  185  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
256 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
259 aa  132  7.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
282 aa  125  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 
251 aa  124  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
248 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
286 aa  118  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
255 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
257 aa  115  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
252 aa  115  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
266 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.27 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.35 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
272 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
249 aa  110  3e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
238 aa  109  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.95 
 
 
262 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  33.17 
 
 
256 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.48 
 
 
260 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
255 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
257 aa  107  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.07 
 
 
265 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
255 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
249 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
312 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
254 aa  106  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.35 
 
 
261 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.57 
 
 
258 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.64 
 
 
281 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
250 aa  105  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.36 
 
 
256 aa  105  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.41 
 
 
272 aa  105  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
257 aa  106  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>