More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2466 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.58 
 
 
254 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.1 
 
 
253 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  84.52 
 
 
251 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.1 
 
 
256 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
255 aa  337  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 
253 aa  334  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
253 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.86 
 
 
262 aa  323  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.86 
 
 
251 aa  322  3e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 
254 aa  319  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
254 aa  316  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.6 
 
 
250 aa  315  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.1 
 
 
258 aa  314  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.43 
 
 
250 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 
254 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
253 aa  311  4.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.23 
 
 
249 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.96 
 
 
252 aa  310  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.8 
 
 
254 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.05 
 
 
251 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
249 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
254 aa  297  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 
254 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
254 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
252 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.44 
 
 
252 aa  292  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 
252 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
256 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
252 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
249 aa  286  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.36 
 
 
252 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
252 aa  285  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
247 aa  284  8e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
249 aa  284  8e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
252 aa  280  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.95 
 
 
256 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
252 aa  276  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
258 aa  272  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.4 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
249 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
252 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
252 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
252 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.94 
 
 
252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.94 
 
 
252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
252 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
250 aa  268  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
253 aa  255  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.93 
 
 
251 aa  247  1e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
247 aa  244  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
245 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
251 aa  238  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.65 
 
 
254 aa  231  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  48.8 
 
 
635 aa  227  1e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
257 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
245 aa  218  7.999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  51.22 
 
 
243 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  43.41 
 
 
259 aa  212  3.9999999999999995e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
259 aa  209  4e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
256 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
251 aa  135  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2409  acetoin dehydrogenase  40.41 
 
 
260 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2405  acetoin dehydrogenase  40.41 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  40.41 
 
 
253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2316  acetoin dehydrogenase  40.41 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2517  acetoin dehydrogenase  40.41 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
259 aa  125  8.000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  35.9 
 
 
257 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
255 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
248 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
282 aa  122  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
244 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  35.48 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
238 aa  116  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.47 
 
 
272 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02067  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  35.02 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02025  hypothetical protein  35.02 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
257 aa  115  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  35.02 
 
 
253 aa  115  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  35.02 
 
 
253 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  35.02 
 
 
253 aa  115  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2427  acetoin dehydrogenase  35.02 
 
 
253 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.68 
 
 
262 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
253 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.53 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.81 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.15 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  35.02 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.49 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
249 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.95 
 
 
246 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.09 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>