More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4326 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.87 
 
 
253 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.45 
 
 
255 aa  325  5e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.1 
 
 
253 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.31 
 
 
254 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.47 
 
 
256 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.29 
 
 
250 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.59 
 
 
253 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
254 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
258 aa  305  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
250 aa  305  6e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
254 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  59.27 
 
 
251 aa  297  9e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
254 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
252 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
252 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
262 aa  290  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
252 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
251 aa  288  9e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
249 aa  285  7e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
254 aa  284  9e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
249 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
253 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
254 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
251 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.76 
 
 
252 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
247 aa  277  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
250 aa  276  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
252 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
252 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
254 aa  275  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
249 aa  275  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
252 aa  274  9e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
249 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
252 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
252 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
252 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.97 
 
 
254 aa  260  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.71 
 
 
256 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.52 
 
 
256 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
252 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
252 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
252 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
252 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.37 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.79 
 
 
247 aa  245  6e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.31 
 
 
251 aa  243  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
257 aa  234  8e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
245 aa  229  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
254 aa  226  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
259 aa  222  6e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  46.09 
 
 
635 aa  214  8e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  48.79 
 
 
243 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  42.02 
 
 
259 aa  209  5e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
247 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
282 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
256 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
286 aa  124  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0067  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.64 
 
 
247 aa  122  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.63 
 
 
248 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.97 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.25 
 
 
265 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
259 aa  118  7.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.34 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
249 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
251 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  32.9 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  35.81 
 
 
257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.52 
 
 
245 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
270 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02067  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  32.9 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.9 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
249 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.17 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  37.44 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02025  hypothetical protein  32.9 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2409  acetoin dehydrogenase  34.2 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  33.33 
 
 
253 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 
255 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
285 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
285 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217132 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 
253 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  33.77 
 
 
253 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.53 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
262 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>