More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3884 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
253 aa  291  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
258 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 
251 aa  286  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
254 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
262 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
253 aa  284  8e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
251 aa  280  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
252 aa  279  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
254 aa  278  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
250 aa  276  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
249 aa  275  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
249 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
247 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
249 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
252 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
254 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
255 aa  269  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
250 aa  268  8.999999999999999e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
250 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  56.1 
 
 
251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.16 
 
 
251 aa  265  4e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
254 aa  264  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.66 
 
 
252 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
252 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
253 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
254 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
253 aa  259  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
252 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
252 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
252 aa  258  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
252 aa  258  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
252 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
252 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
245 aa  253  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
252 aa  251  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
256 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
249 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
252 aa  248  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
252 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
252 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
252 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
252 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
254 aa  246  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
251 aa  245  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
257 aa  245  6e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
245 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.63 
 
 
256 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.78 
 
 
258 aa  234  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
259 aa  233  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.15 
 
 
247 aa  221  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
253 aa  221  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  43.19 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  46.18 
 
 
635 aa  214  7e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  51.19 
 
 
243 aa  204  8e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.96 
 
 
254 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
286 aa  126  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
253 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
270 aa  116  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
248 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
246 aa  115  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
261 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.56 
 
 
246 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
246 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  34.5 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  36.87 
 
 
253 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2405  acetoin dehydrogenase  36.87 
 
 
260 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2316  acetoin dehydrogenase  36.87 
 
 
260 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
251 aa  112  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2409  acetoin dehydrogenase  35.81 
 
 
260 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2517  acetoin dehydrogenase  36.87 
 
 
260 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.11 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
293 aa  112  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
248 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.38 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
238 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  36.14 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 
260 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.108288  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
249 aa  108  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  33.95 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  33.95 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
251 aa  108  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  33.95 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2427  acetoin dehydrogenase  33.95 
 
 
253 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
260 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
249 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
260 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>