More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3945 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  85.16 
 
 
257 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.39 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
266 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
254 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
264 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.96 
 
 
258 aa  298  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.35 
 
 
255 aa  294  8e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
270 aa  281  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  59.06 
 
 
257 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
259 aa  280  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
257 aa  278  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.77 
 
 
267 aa  272  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
254 aa  263  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
244 aa  245  6e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
253 aa  234  7e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  57.2 
 
 
253 aa  230  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
249 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
261 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
245 aa  217  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
249 aa  216  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
252 aa  210  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.75 
 
 
285 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.25 
 
 
253 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
252 aa  186  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
257 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
257 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.69 
 
 
253 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.5 
 
 
256 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.15 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 
259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
233 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.64 
 
 
277 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
256 aa  171  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
261 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.92 
 
 
259 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
253 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  39.02 
 
 
265 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.06 
 
 
249 aa  170  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
233 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
247 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3283  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
253 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.15 
 
 
258 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  168  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  168  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
255 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.11 
 
 
257 aa  168  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.86 
 
 
256 aa  168  8e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.2 
 
 
258 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
261 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
233 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.62 
 
 
260 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.15 
 
 
246 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
257 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
233 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
254 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.3 
 
 
246 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.02 
 
 
245 aa  166  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.54 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.54 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.19 
 
 
245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
233 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  165  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  41.73 
 
 
261 aa  165  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.64 
 
 
265 aa  166  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
268 aa  165  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.3 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.19 
 
 
250 aa  165  8e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  165  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
260 aa  164  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
260 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
258 aa  165  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.87 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.77 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465819 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.16 
 
 
248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.91 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1089  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
244 aa  163  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.319271  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.43 
 
 
259 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
246 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1946  acetoacetyl-CoA reductase  42.57 
 
 
242 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>