More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3411 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.31 
 
 
257 aa  412  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
250 aa  265  7e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
254 aa  258  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
251 aa  258  7e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
254 aa  254  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
253 aa  251  7e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
249 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
254 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.18 
 
 
253 aa  248  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
249 aa  248  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
252 aa  248  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.92 
 
 
249 aa  248  8e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
247 aa  247  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
253 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
251 aa  238  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
252 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
254 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
252 aa  235  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
256 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
262 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
250 aa  232  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
249 aa  232  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
255 aa  232  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
252 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
249 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
254 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
251 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
252 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
250 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.74 
 
 
251 aa  225  4e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
247 aa  225  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
252 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
252 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
252 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
252 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
252 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
254 aa  221  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
253 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.6 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
252 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
254 aa  218  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
252 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.79 
 
 
252 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
252 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
252 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
252 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  47.98 
 
 
251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  51.43 
 
 
243 aa  214  9e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  46.22 
 
 
635 aa  213  2.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  45.69 
 
 
259 aa  209  5e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.72 
 
 
247 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
253 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
256 aa  205  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
254 aa  204  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.16 
 
 
256 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
257 aa  122  7e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
252 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  39.25 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
248 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
317 aa  112  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  38.42 
 
 
273 aa  112  5e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
253 aa  112  8.000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
254 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
253 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  36.36 
 
 
259 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
282 aa  108  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
245 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.2 
 
 
253 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
261 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
245 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
253 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
274 aa  106  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.448097 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
233 aa  106  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 
246 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
254 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
233 aa  105  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
252 aa  105  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
256 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
254 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
286 aa  105  9e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
258 aa  105  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
257 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622704  normal  0.299827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
253 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
231 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.62 
 
 
267 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
246 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
231 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
261 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>