More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3743 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  503  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.8 
 
 
254 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.01 
 
 
254 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
253 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.8 
 
 
253 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.65 
 
 
253 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
250 aa  280  1e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
250 aa  280  1e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
247 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
265 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
248 aa  161  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
263 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  158  8e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
260 aa  158  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
254 aa  158  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
258 aa  157  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
251 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  156  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  155  7e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
251 aa  155  7e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
251 aa  155  7e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
252 aa  154  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
254 aa  155  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.82 
 
 
248 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
247 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
246 aa  153  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
257 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
246 aa  153  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
266 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
257 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
274 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
256 aa  152  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
250 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
251 aa  151  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
268 aa  150  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
253 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 
255 aa  150  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
283 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
244 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
247 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  36.29 
 
 
269 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  149  5e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
262 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
248 aa  149  6e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  148  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  148  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.96 
 
 
251 aa  148  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
247 aa  148  8e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  37.5 
 
 
261 aa  148  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
256 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
299 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
258 aa  146  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2335  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.76 
 
 
253 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
257 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.44 
 
 
249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
246 aa  145  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.59 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 
250 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 
250 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
251 aa  145  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
263 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.2 
 
 
250 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
250 aa  145  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 
245 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.8 
 
 
250 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
244 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
261 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
269 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
260 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>