More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1651 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.01 
 
 
254 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.61 
 
 
254 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.51 
 
 
253 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.88 
 
 
253 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.64 
 
 
253 aa  322  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
250 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
250 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
250 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
247 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
255 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
254 aa  162  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
266 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
265 aa  161  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
254 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
257 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
252 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
270 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
252 aa  159  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
257 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
257 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
257 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
257 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
255 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
258 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
260 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
250 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
274 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
257 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
251 aa  153  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
268 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  152  5e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.8 
 
 
258 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
248 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
262 aa  151  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
262 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  38.8 
 
 
261 aa  151  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
253 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
256 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
257 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
263 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
254 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
262 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  36.8 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  35.18 
 
 
261 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.49 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
248 aa  146  3e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
251 aa  146  3e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  35.18 
 
 
261 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  145  5e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
255 aa  145  5e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.25 
 
 
249 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
263 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
261 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
254 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
246 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  41.37 
 
 
251 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.87 
 
 
251 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
267 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  35.16 
 
 
261 aa  143  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
257 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2335  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.76 
 
 
253 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
247 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  143  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.63 
 
 
247 aa  143  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
251 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
245 aa  142  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  35.14 
 
 
269 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
245 aa  142  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
247 aa  142  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  34.78 
 
 
261 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>