More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3906 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.64 
 
 
254 aa  332  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.61 
 
 
254 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.65 
 
 
254 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.8 
 
 
253 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
253 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
250 aa  279  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
250 aa  279  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
250 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
254 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
270 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
248 aa  155  4e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  40.65 
 
 
261 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
247 aa  153  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
249 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
262 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
253 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
258 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.15 
 
 
254 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  36.15 
 
 
265 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
256 aa  148  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
262 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
266 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  34.9 
 
 
259 aa  146  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
286 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.84 
 
 
245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
246 aa  145  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
254 aa  145  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  38.46 
 
 
261 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
265 aa  144  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.13 
 
 
247 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
256 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
257 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
261 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.877905  normal  0.0437007 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
269 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
247 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  38.06 
 
 
261 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
250 aa  143  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  143  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
257 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  38.78 
 
 
243 aa  143  2e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.08 
 
 
252 aa  143  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  37.75 
 
 
261 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
239 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  142  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.75 
 
 
252 aa  142  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  37.65 
 
 
261 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  142  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
261 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
274 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  38.04 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  39.33 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.62 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  37.45 
 
 
261 aa  139  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  139  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
254 aa  139  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
244 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1837  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  37.25 
 
 
261 aa  139  6e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  139  6e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
259 aa  138  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
248 aa  138  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
255 aa  137  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 
255 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
256 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
262 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 
264 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
255 aa  137  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
248 aa  137  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
257 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
262 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
269 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>