More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0949 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
264 aa  542  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  70.61 
 
 
263 aa  401  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  60.31 
 
 
262 aa  324  1e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  57.98 
 
 
263 aa  313  2.9999999999999996e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  59.47 
 
 
265 aa  311  7.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  56.76 
 
 
270 aa  297  1e-79  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
257 aa  277  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  50.59 
 
 
254 aa  270  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
254 aa  270  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  50.59 
 
 
254 aa  270  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  50.59 
 
 
254 aa  270  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  50.59 
 
 
254 aa  270  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.53 
 
 
255 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  49.41 
 
 
254 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  49.41 
 
 
254 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  49.01 
 
 
254 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.18 
 
 
254 aa  261  6.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  49.01 
 
 
254 aa  261  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
272 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 
254 aa  256  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 
254 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 
289 aa  256  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  47.43 
 
 
258 aa  254  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  48.22 
 
 
254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  46.09 
 
 
257 aa  252  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 
254 aa  251  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  46.25 
 
 
254 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 
255 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 
254 aa  245  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
257 aa  244  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
257 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
257 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
253 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
269 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
257 aa  239  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.46 
 
 
256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
256 aa  239  4e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  46.48 
 
 
255 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
256 aa  236  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  47.31 
 
 
251 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
256 aa  235  6e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  45.85 
 
 
256 aa  234  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.21 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.05 
 
 
257 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
255 aa  228  7e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
255 aa  228  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
261 aa  228  9e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
252 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.83 
 
 
255 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 
255 aa  222  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
265 aa  219  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.46 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  43.19 
 
 
251 aa  209  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.1 
 
 
259 aa  208  8e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
255 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44 
 
 
251 aa  207  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.91 
 
 
253 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.96 
 
 
251 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.75 
 
 
253 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.96 
 
 
251 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.96 
 
 
251 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.97 
 
 
253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.8 
 
 
251 aa  198  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.29 
 
 
256 aa  198  7e-50  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
255 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.97 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.92 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  43.65 
 
 
253 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.19 
 
 
253 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.19 
 
 
253 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.19 
 
 
253 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.53 
 
 
258 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
274 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.75 
 
 
253 aa  194  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.89 
 
 
253 aa  193  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.89 
 
 
253 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.89 
 
 
253 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.89 
 
 
253 aa  192  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.65 
 
 
256 aa  192  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  47.62 
 
 
254 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.02 
 
 
253 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
254 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.51 
 
 
253 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.51 
 
 
253 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
259 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
252 aa  189  5e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
257 aa  189  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.47 
 
 
255 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.75 
 
 
253 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.75 
 
 
253 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.75 
 
 
253 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.15 
 
 
253 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  42.97 
 
 
258 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.87 
 
 
251 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
251 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
255 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
261 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>