More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3017 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  511  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.07 
 
 
254 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.33 
 
 
253 aa  348  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.95 
 
 
254 aa  343  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.65 
 
 
252 aa  340  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.32 
 
 
251 aa  338  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.8 
 
 
258 aa  337  9e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
254 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.2 
 
 
254 aa  334  9e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
254 aa  334  9e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.54 
 
 
253 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.66 
 
 
253 aa  329  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.1 
 
 
252 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.86 
 
 
250 aa  320  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  63.67 
 
 
251 aa  319  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
249 aa  318  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.2 
 
 
249 aa  317  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
249 aa  315  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.95 
 
 
262 aa  315  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.6 
 
 
252 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.35 
 
 
251 aa  315  4e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
247 aa  314  7e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.85 
 
 
250 aa  313  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.97 
 
 
254 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.3 
 
 
252 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
255 aa  307  8e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
256 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
252 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.6 
 
 
254 aa  304  8.000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
253 aa  298  7e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.29 
 
 
254 aa  297  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
249 aa  296  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
252 aa  294  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
256 aa  291  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.95 
 
 
256 aa  290  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
258 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.47 
 
 
252 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
252 aa  284  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
252 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
252 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
252 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.52 
 
 
252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
252 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
252 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
252 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
252 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
249 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
252 aa  276  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
251 aa  270  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.51 
 
 
247 aa  270  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
257 aa  262  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
253 aa  258  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
245 aa  255  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
251 aa  254  9e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
259 aa  251  7e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
245 aa  250  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  50.4 
 
 
635 aa  244  9.999999999999999e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 
254 aa  238  5.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  53.91 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  47.66 
 
 
259 aa  224  8e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
247 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.53 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.53 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  40.84 
 
 
273 aa  129  6e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
282 aa  126  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
256 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
235 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
272 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  38.59 
 
 
257 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  35.4 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  35.4 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2427  acetoin dehydrogenase  40.11 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  35.4 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  35.4 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02067  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  35.84 
 
 
253 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
253 aa  119  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
249 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02025  hypothetical protein  35.84 
 
 
253 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41710  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
264 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
279 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
299 aa  118  7e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.54 
 
 
249 aa  119  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2517  acetoin dehydrogenase  40.68 
 
 
260 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03260  conserved hypothetical protein  37.31 
 
 
554 aa  118  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2405  acetoin dehydrogenase  40.68 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2316  acetoin dehydrogenase  40.68 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  40.68 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
281 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.48 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  34.96 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>