More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2849 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
243 aa  481  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.18 
 
 
245 aa  290  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.43 
 
 
249 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.79 
 
 
251 aa  246  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
249 aa  244  9e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
247 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
252 aa  238  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
249 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.73 
 
 
245 aa  236  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
253 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.69 
 
 
254 aa  235  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.69 
 
 
252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
254 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.87 
 
 
252 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
254 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
253 aa  226  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
252 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
252 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
262 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
252 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
254 aa  218  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
254 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
253 aa  217  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
257 aa  216  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
256 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
252 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
252 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
252 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
252 aa  211  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
252 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
250 aa  209  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 
251 aa  209  4e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
253 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
252 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
252 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
252 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  49.39 
 
 
251 aa  208  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
259 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
249 aa  204  7e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
254 aa  204  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.15 
 
 
258 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
253 aa  201  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.2 
 
 
247 aa  192  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
256 aa  191  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  44.4 
 
 
635 aa  189  5e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  41.73 
 
 
259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
282 aa  108  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
261 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
248 aa  105  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  41.4 
 
 
254 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 
251 aa  103  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
279 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
253 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.37 
 
 
246 aa  102  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.28 
 
 
248 aa  102  6e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000653973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
255 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
260 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
254 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
262 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.27 
 
 
250 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.29 
 
 
261 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0845  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.66 
 
 
243 aa  100  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00584658  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
254 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
250 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
242 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00246779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.84 
 
 
246 aa  99.8  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.32 
 
 
265 aa  99.8  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
285 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
238 aa  99.4  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
269 aa  98.6  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.82 
 
 
257 aa  98.6  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
266 aa  98.6  8e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0320  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
267 aa  98.6  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  30 
 
 
258 aa  98.2  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  30 
 
 
257 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.42 
 
 
256 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.91 
 
 
261 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>