More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6377 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.03 
 
 
252 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.48 
 
 
252 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.48 
 
 
252 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.37 
 
 
252 aa  390  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.19 
 
 
252 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75 
 
 
252 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.21 
 
 
252 aa  361  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.79 
 
 
252 aa  359  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.6 
 
 
252 aa  353  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.6 
 
 
252 aa  353  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.6 
 
 
252 aa  353  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
252 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.73 
 
 
254 aa  317  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.89 
 
 
252 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.1 
 
 
253 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.29 
 
 
252 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
254 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.29 
 
 
253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
258 aa  298  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
254 aa  296  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
250 aa  294  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
254 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
254 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
253 aa  291  8e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
252 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  56.57 
 
 
251 aa  285  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
262 aa  284  8e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.4 
 
 
252 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
251 aa  278  7e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
249 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
254 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
253 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
256 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
250 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
247 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
250 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
249 aa  268  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
249 aa  267  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
258 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
251 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
251 aa  263  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
255 aa  259  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
254 aa  259  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 
254 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
249 aa  254  7e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
245 aa  245  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
253 aa  244  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
256 aa  241  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.6 
 
 
247 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.77 
 
 
256 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.91 
 
 
251 aa  229  3e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  47.22 
 
 
635 aa  228  5e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
257 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
245 aa  224  8e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  50.81 
 
 
243 aa  217  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.35 
 
 
254 aa  214  9e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  44.49 
 
 
259 aa  203  2e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
247 aa  186  5e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.1 
 
 
264 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
282 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
248 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.25 
 
 
256 aa  122  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.75 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
259 aa  119  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
261 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_003296  RS02396  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.08 
 
 
261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.613287  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4270  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.6 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149446  normal  0.650814 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4380  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.6 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.209201  normal  0.21753 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
251 aa  113  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
257 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  35.96 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  112  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
285 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
242 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
312 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
249 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
254 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
241 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
261 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
286 aa  109  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
330 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
306 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
251 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
257 aa  108  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 
272 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
246 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
280 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
285 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  normal  0.0427159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  35.75 
 
 
259 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>