More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2754 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
245 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 
249 aa  286  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 
247 aa  285  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.41 
 
 
249 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
254 aa  278  7e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
250 aa  274  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.61 
 
 
252 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
258 aa  271  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
245 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
249 aa  268  4e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
252 aa  268  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 
252 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.43 
 
 
252 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
250 aa  265  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.5 
 
 
252 aa  265  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
249 aa  265  5e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
251 aa  264  8.999999999999999e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
254 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
254 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
252 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
252 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
252 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
252 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
254 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
262 aa  260  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
252 aa  258  8e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
253 aa  256  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
251 aa  255  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
253 aa  255  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.84 
 
 
252 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
252 aa  254  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
252 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
252 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 
257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 
250 aa  251  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
252 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
253 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
252 aa  249  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  54.73 
 
 
243 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
255 aa  246  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
254 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
247 aa  244  8e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.72 
 
 
253 aa  240  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
259 aa  236  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.44 
 
 
251 aa  236  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
254 aa  235  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.78 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  49.59 
 
 
251 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
256 aa  229  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
254 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
252 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.19 
 
 
256 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.44 
 
 
258 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  48.19 
 
 
635 aa  212  4.9999999999999996e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  42.25 
 
 
259 aa  193  2e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
254 aa  192  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
286 aa  132  6.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.45 
 
 
263 aa  121  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.78 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.78 
 
 
246 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
248 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
254 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 
272 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
282 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107634  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.22 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
238 aa  107  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
249 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.31 
 
 
266 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
279 aa  107  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.17 
 
 
257 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
254 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  31.28 
 
 
258 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.94 
 
 
254 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
254 aa  106  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
253 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
247 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_003296  RS02396  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.15 
 
 
261 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.613287  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.84 
 
 
258 aa  106  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  34.91 
 
 
256 aa  106  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  35.68 
 
 
248 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
257 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622704  normal  0.299827 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  33.91 
 
 
253 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
263 aa  105  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0053445  hitchhiker  0.00000000168997 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
270 aa  105  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
244 aa  105  6e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
266 aa  105  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.8 
 
 
249 aa  105  8e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
258 aa  105  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  33.04 
 
 
251 aa  105  9e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
262 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.8 
 
 
249 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2084  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.19 
 
 
250 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558768  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
254 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>