More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1554 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  523  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.66 
 
 
250 aa  329  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.55 
 
 
254 aa  327  9e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.06 
 
 
253 aa  323  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
250 aa  323  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
253 aa  315  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.78 
 
 
258 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
255 aa  313  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
252 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
256 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
252 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
254 aa  305  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
249 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
262 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
251 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  57.31 
 
 
251 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
247 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 
252 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
252 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
254 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.18 
 
 
254 aa  298  4e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
253 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.96 
 
 
254 aa  298  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
254 aa  298  5e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 
254 aa  298  7e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 
251 aa  297  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
249 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
250 aa  295  6e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.34 
 
 
252 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
249 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
249 aa  290  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.59 
 
 
258 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
252 aa  288  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
252 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
254 aa  286  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
252 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
252 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 
252 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
252 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
252 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
252 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
252 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
252 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
252 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 
252 aa  271  9e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.44 
 
 
247 aa  267  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
251 aa  263  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
257 aa  262  3e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
256 aa  261  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.52 
 
 
256 aa  260  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
253 aa  259  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
249 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
245 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
259 aa  238  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
251 aa  238  9e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.79 
 
 
245 aa  233  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  46.25 
 
 
635 aa  227  1e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
254 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  48.98 
 
 
243 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  45.21 
 
 
259 aa  209  3e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
247 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
248 aa  141  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.53 
 
 
282 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
238 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
279 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
261 aa  121  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
317 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  36.6 
 
 
257 aa  116  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
242 aa  115  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
244 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
244 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0494  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.75 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  30.77 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.7 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.97 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
248 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  30.65 
 
 
257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.8 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
255 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
255 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  112  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.06 
 
 
248 aa  112  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
274 aa  112  5e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.448097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.57 
 
 
256 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
255 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.93 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.6 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>