More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2234 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  78.09 
 
 
252 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.49 
 
 
252 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.09 
 
 
252 aa  374  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.65 
 
 
254 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.01 
 
 
254 aa  338  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
250 aa  335  5.999999999999999e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.94 
 
 
258 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.18 
 
 
253 aa  329  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.17 
 
 
254 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.17 
 
 
254 aa  323  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.37 
 
 
253 aa  323  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.94 
 
 
252 aa  318  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 
262 aa  316  3e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
251 aa  310  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 
252 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 
252 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
253 aa  305  7e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
252 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
252 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
249 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.8 
 
 
252 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
252 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
247 aa  301  9e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
249 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
256 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
252 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
252 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
250 aa  295  5e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
251 aa  294  9e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 
252 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  58.7 
 
 
251 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 
254 aa  291  6e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
254 aa  288  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.49 
 
 
250 aa  288  7e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
254 aa  284  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.42 
 
 
253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
249 aa  281  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
252 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
249 aa  278  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
258 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
249 aa  271  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
253 aa  264  8.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
256 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
251 aa  258  5.0000000000000005e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
256 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
247 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
245 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  52 
 
 
635 aa  242  3.9999999999999997e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
251 aa  241  6e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
259 aa  241  6e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
257 aa  241  9e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
245 aa  231  9e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.35 
 
 
254 aa  230  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  51.23 
 
 
243 aa  218  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  42.53 
 
 
259 aa  209  5e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
247 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.97 
 
 
251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
248 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
282 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.88 
 
 
244 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.07 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.38 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.38 
 
 
246 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
245 aa  126  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
264 aa  125  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  33.47 
 
 
257 aa  125  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.24 
 
 
250 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
256 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  33.47 
 
 
257 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.24 
 
 
250 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
246 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
261 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
317 aa  123  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 
249 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
286 aa  120  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
248 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
252 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
250 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.24 
 
 
253 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.78 
 
 
255 aa  119  6e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
239 aa  118  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.82 
 
 
239 aa  118  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.89 
 
 
249 aa  118  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  37.82 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
239 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
246 aa  116  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
257 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.36 
 
 
253 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.92 
 
 
252 aa  116  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.11 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>