More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4216 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.76 
 
 
252 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.37 
 
 
252 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.57 
 
 
252 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.57 
 
 
252 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.37 
 
 
252 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.57 
 
 
252 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.78 
 
 
252 aa  388  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.97 
 
 
252 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.4 
 
 
252 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.4 
 
 
252 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.4 
 
 
252 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.1 
 
 
252 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.71 
 
 
254 aa  316  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.9 
 
 
254 aa  315  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
253 aa  310  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
254 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
253 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.85 
 
 
258 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.89 
 
 
253 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
254 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 
254 aa  301  6.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.71 
 
 
252 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  60 
 
 
251 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 
252 aa  298  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
252 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
252 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.52 
 
 
250 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
256 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.94 
 
 
254 aa  288  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
253 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
255 aa  285  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.87 
 
 
262 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
251 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.89 
 
 
250 aa  281  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.52 
 
 
249 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
251 aa  274  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
250 aa  271  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.37 
 
 
249 aa  270  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
249 aa  268  7e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
254 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.68 
 
 
254 aa  265  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
247 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.17 
 
 
249 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.17 
 
 
258 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
251 aa  260  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
249 aa  254  9e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
256 aa  246  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
253 aa  245  6e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.61 
 
 
247 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
245 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.98 
 
 
256 aa  238  8e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.59 
 
 
251 aa  236  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
245 aa  228  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  47.06 
 
 
635 aa  223  2e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  46.36 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
259 aa  218  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  50.41 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
247 aa  187  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
248 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
312 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.71 
 
 
251 aa  122  7e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
279 aa  121  9e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.24 
 
 
262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
282 aa  118  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
258 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
286 aa  115  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
238 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  35.09 
 
 
256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.78 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
241 aa  113  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
252 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
247 aa  112  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  35.53 
 
 
257 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  40.11 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  33.92 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  33.48 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
245 aa  109  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.22 
 
 
245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
272 aa  109  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.63 
 
 
246 aa  109  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  33.48 
 
 
253 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
249 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.77 
 
 
259 aa  109  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
253 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  33.48 
 
 
253 aa  109  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  33.48 
 
 
253 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>