More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4451 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 288 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0350  inner-membrane translocator  49.82 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  44.03 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5758  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3203  branched chain amino acid ABC transporter permease  42.01 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1561  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.89 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2664  inner-membrane translocator  42.49 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0808  inner-membrane translocator  42.03 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3321  inner-membrane translocator  44.69 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  38.18 
 
 		 542 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.92 
 
 		 537 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3019  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.49585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 537 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.92 
 
 		 520 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 551 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  39.7 
 
 		 542 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 554 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1309  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.2 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 542 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 545 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.55 
 
 		 550 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3820  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 548 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 537 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 524 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5901  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 524 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  36 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.43 
 
 		 545 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 526 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 642 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 305 aa  153  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  37.5 
 
 		 543 aa  153  4e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 526 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.47 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.04 
 
 		 545 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1944  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 642 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0300  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.97 
 
 		 642 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.247535  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.51 
 
 		 558 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.96 
 
 		 528 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.51 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.93 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.96 
 
 		 523 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2992  hypothetical protein  35.64 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 527 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.52 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4423  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 534 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.43 
 
 		 515 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  36 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 527 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3725  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0553822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.69 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.68 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.78 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 547 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 639 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0941  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.48 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  35.34 
 
 		 538 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1044  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.16 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  38.72 
 
 		 534 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6649  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 277 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0493253  normal  0.0600103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.43 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.25 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.56 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.43 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.06 
 
 		 525 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.67 
 
 		 543 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 545 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.7 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.67 
 
 		 543 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  33.56 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1710  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.1 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00512206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5669  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.09 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3733  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4635  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  36 
 
 		 540 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  34.96 
 
 		 538 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1256  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.8 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0765921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.96 
 
 		 549 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.72 
 
 		 552 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.19 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 524 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.39 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.33 
 
 		 539 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>