More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4011 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  68.93 
 
 		 527 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  100 
 
 		 515 aa  1031    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  73.93 
 
 		 524 aa  775    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  74.76 
 
 		 526 aa  785    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  73.74 
 
 		 524 aa  781    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  69.17 
 
 		 526 aa  672    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  63.14 
 
 		 528 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  61.3 
 
 		 534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  51.29 
 
 		 527 aa  474  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.51 
 
 		 549 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.51 
 
 		 552 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  51.92 
 
 		 539 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  51.26 
 
 		 545 aa  460  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1437  inner-membrane translocator  56.02 
 
 		 525 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  49.9 
 
 		 553 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  53.29 
 
 		 539 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  52.3 
 
 		 539 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  53.09 
 
 		 539 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  52.3 
 
 		 539 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.79 
 
 		 540 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.1 
 
 		 539 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 		 542 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 		 542 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  51.56 
 
 		 543 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 		 540 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.83 
 
 		 542 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 		 538 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 		 542 aa  445  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  51.56 
 
 		 543 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  51.93 
 
 		 540 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  51.93 
 
 		 538 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  51.24 
 
 		 543 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  50.2 
 
 		 538 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.02 
 
 		 525 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.84 
 
 		 529 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  56.06 
 
 		 500 aa  415  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  49.78 
 
 		 548 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  51.09 
 
 		 543 aa  414  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  49.49 
 
 		 542 aa  413  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.09 
 
 		 529 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  55.2 
 
 		 529 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  51.8 
 
 		 539 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 537 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.05 
 
 		 558 aa  402  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.02 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  52.31 
 
 		 526 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.43 
 
 		 539 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  50.73 
 
 		 515 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  50.73 
 
 		 533 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.94 
 
 		 533 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.69 
 
 		 520 aa  392  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  51.3 
 
 		 537 aa  392  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5580  branched-chain amino acid ABC transporter permease  51.4 
 
 		 529 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  55.56 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  48.62 
 
 		 550 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  55.09 
 
 		 484 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  52.88 
 
 		 522 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  47.83 
 
 		 542 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  55.32 
 
 		 495 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.07 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  48.69 
 
 		 523 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  48.32 
 
 		 542 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  47.31 
 
 		 524 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.48 
 
 		 545 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  43.19 
 
 		 547 aa  369  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  50.21 
 
 		 545 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  48.9 
 
 		 592 aa  366  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  48.58 
 
 		 551 aa  362  6e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  50.35 
 
 		 540 aa  359  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  42.18 
 
 		 534 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 554 aa  353  5e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 537 aa  346  5e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  60.93 
 
 		 346 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  39.78 
 
 		 538 aa  342  8e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0189  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 567 aa  338  1.9999999999999998e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.49 
 
 		 551 aa  320  3e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  42.79 
 
 		 543 aa  316  7e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.18 
 
 		 561 aa  311  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.84 
 
 		 297 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  50.52 
 
 		 302 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.48 
 
 		 293 aa  269  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2863  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.82 
 
 		 388 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.16 
 
 		 292 aa  268  2e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 300 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.62 
 
 		 296 aa  264  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  48.28 
 
 		 308 aa  259  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.55 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 301 aa  256  7e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.55 
 
 		 308 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  46.55 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  46.9 
 
 		 308 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  47.62 
 
 		 300 aa  251  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  45.86 
 
 		 307 aa  249  8e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.45 
 
 		 292 aa  249  9e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.52 
 
 		 308 aa  248  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.52 
 
 		 308 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.48 
 
 		 308 aa  248  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.14 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.14 
 
 		 308 aa  246  6e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.83 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>