More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1256 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  100 
 
 
543 aa  1091    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  43.8 
 
 
526 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  39.89 
 
 
548 aa  331  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  44.04 
 
 
524 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  43.58 
 
 
524 aa  327  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.08 
 
 
528 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.78 
 
 
549 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.78 
 
 
552 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  39.46 
 
 
545 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
527 aa  318  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  46.15 
 
 
534 aa  316  6e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  39.11 
 
 
542 aa  316  8e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  43.31 
 
 
526 aa  315  9e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  45 
 
 
539 aa  316  9e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  45 
 
 
539 aa  316  9e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.79 
 
 
515 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.05 
 
 
542 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.05 
 
 
542 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.23 
 
 
539 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.05 
 
 
540 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  42.89 
 
 
539 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.05 
 
 
538 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45 
 
 
539 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  43.81 
 
 
542 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  43.81 
 
 
540 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.65 
 
 
539 aa  312  9e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  43.81 
 
 
538 aa  312  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  43.72 
 
 
553 aa  312  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
542 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.72 
 
 
540 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.12 
 
 
543 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
529 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  36.07 
 
 
540 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  46.23 
 
 
529 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.43 
 
 
545 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  42.65 
 
 
527 aa  303  7.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  40.11 
 
 
537 aa  302  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.55 
 
 
537 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.09 
 
 
558 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.52 
 
 
543 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.27 
 
 
539 aa  300  5e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  42.12 
 
 
551 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  51.65 
 
 
500 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.5 
 
 
525 aa  296  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  41.09 
 
 
538 aa  295  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.44 
 
 
539 aa  295  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  41.02 
 
 
537 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.11 
 
 
543 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.6 
 
 
550 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  42.92 
 
 
545 aa  292  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  51.2 
 
 
534 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.96 
 
 
520 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  42.73 
 
 
526 aa  290  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  44.65 
 
 
533 aa  290  7e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  37.43 
 
 
554 aa  289  8e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.65 
 
 
533 aa  289  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  44.65 
 
 
515 aa  289  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  55.51 
 
 
529 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  46.95 
 
 
522 aa  288  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  38.85 
 
 
542 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  51.82 
 
 
524 aa  284  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.49 
 
 
523 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  38.91 
 
 
542 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.73 
 
 
545 aa  282  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.16 
 
 
551 aa  282  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  55.88 
 
 
495 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  46.02 
 
 
484 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  55.51 
 
 
495 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  46.39 
 
 
547 aa  278  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.63 
 
 
346 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.51 
 
 
297 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  36.61 
 
 
537 aa  274  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.73 
 
 
561 aa  273  5.000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  39.45 
 
 
538 aa  273  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5580  branched-chain amino acid ABC transporter permease  46.23 
 
 
529 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.14 
 
 
543 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0189  inner-membrane translocator  36.12 
 
 
567 aa  262  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  49 
 
 
302 aa  259  1e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1437  inner-membrane translocator  39.15 
 
 
525 aa  258  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.16 
 
 
292 aa  257  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  46.62 
 
 
300 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  37.15 
 
 
592 aa  254  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.52 
 
 
296 aa  252  1e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.92 
 
 
293 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.67 
 
 
293 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.73 
 
 
292 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  46.37 
 
 
307 aa  240  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  46.08 
 
 
305 aa  238  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  44.71 
 
 
300 aa  237  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.24 
 
 
308 aa  236  6e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.02 
 
 
308 aa  233  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0828  putative urea ABC transporter  38.64 
 
 
384 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08871  putative urea ABC transporter  38.38 
 
 
384 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.698223  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  45.7 
 
 
308 aa  232  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  45.36 
 
 
308 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  44.83 
 
 
308 aa  230  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.36 
 
 
308 aa  230  6e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.29 
 
 
307 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.37 
 
 
308 aa  227  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3588  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.02 
 
 
304 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>