More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4842 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 346 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  99.13 
 
 		 484 aa  662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  98.27 
 
 		 495 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  97.11 
 
 		 495 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  88.15 
 
 		 529 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  89.31 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.86 
 
 		 529 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  86.71 
 
 		 529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  85.42 
 
 		 522 aa  510  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  76.59 
 
 		 539 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5580  branched-chain amino acid ABC transporter permease  87.28 
 
 		 529 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  77.17 
 
 		 539 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  75.29 
 
 		 524 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  77.46 
 
 		 526 aa  478  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  73.41 
 
 		 525 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  76.88 
 
 		 515 aa  458  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  76.59 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  76.59 
 
 		 533 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  66.76 
 
 		 527 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  64.04 
 
 		 526 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  65 
 
 		 524 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  64.81 
 
 		 524 aa  423  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  64.94 
 
 		 545 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  68.44 
 
 		 539 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  68.44 
 
 		 539 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  68.44 
 
 		 539 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  67.81 
 
 		 539 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  67.29 
 
 		 538 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  67.29 
 
 		 540 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  66.98 
 
 		 538 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  66.98 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  66.98 
 
 		 542 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.29 
 
 		 542 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  67.71 
 
 		 539 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.29 
 
 		 542 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  66.56 
 
 		 552 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  67.97 
 
 		 527 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  67.29 
 
 		 542 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  66.56 
 
 		 549 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  67.4 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  65.31 
 
 		 526 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  65.6 
 
 		 543 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  65.89 
 
 		 543 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  66.56 
 
 		 540 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  65.23 
 
 		 553 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  62.54 
 
 		 528 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  65.31 
 
 		 538 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  60.93 
 
 		 515 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  61.52 
 
 		 534 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  65.96 
 
 		 543 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  59.43 
 
 		 548 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1437  inner-membrane translocator  62.14 
 
 		 525 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  59.72 
 
 		 543 aa  363  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  60 
 
 		 558 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  63.96 
 
 		 537 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  61.11 
 
 		 542 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  58.57 
 
 		 542 aa  354  1e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  61.11 
 
 		 542 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  58.67 
 
 		 592 aa  348  7e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  63.57 
 
 		 520 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  62.75 
 
 		 537 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  58.2 
 
 		 545 aa  346  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  62.54 
 
 		 545 aa  345  5e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  59.31 
 
 		 540 aa  336  3.9999999999999995e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  61.07 
 
 		 554 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  58.15 
 
 		 550 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  63.21 
 
 		 537 aa  334  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  51.78 
 
 		 547 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  57.85 
 
 		 545 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  56.19 
 
 		 551 aa  328  8e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  61.49 
 
 		 523 aa  328  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  54.73 
 
 		 534 aa  323  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 537 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0189  inner-membrane translocator  58.48 
 
 		 567 aa  315  5e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  51.34 
 
 		 543 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  57.5 
 
 		 538 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.17 
 
 		 297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.03 
 
 		 551 aa  302  5.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  53.36 
 
 		 292 aa  295  5e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  53.25 
 
 		 561 aa  286  4e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 302 aa  272  6e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.34 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  53.87 
 
 		 292 aa  265  8e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 300 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.39 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  47.42 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.58 
 
 		 308 aa  256  4e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  44.97 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  47.42 
 
 		 300 aa  256  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.67 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  46.76 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.39 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.08 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.36 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.05 
 
 		 308 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  46.34 
 
 		 642 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.74 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  46.39 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2863  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.89 
 
 		 388 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.02 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>