More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3019 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3019  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.49585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2664  inner-membrane translocator  92.41 
 
 		 290 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3203  branched chain amino acid ABC transporter permease  88.97 
 
 		 290 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3321  inner-membrane translocator  75.09 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  59.43 
 
 		 288 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5758  inner-membrane translocator  60.64 
 
 		 289 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0808  inner-membrane translocator  58.13 
 
 		 289 aa  281  8.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1561  urea ABC transporter, permease protein UrtB  52.86 
 
 		 293 aa  236  5.0000000000000005e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  40.29 
 
 		 288 aa  188  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0350  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.89 
 
 		 558 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.72 
 
 		 545 aa  165  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.79 
 
 		 523 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 537 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  34.52 
 
 		 542 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.29 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.89 
 
 		 537 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 548 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 537 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.28 
 
 		 520 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 551 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.53 
 
 		 545 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 542 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 534 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 542 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.53 
 
 		 550 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.45 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.06 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1309  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.01 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 537 aa  149  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 554 aa  148  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 545 aa  148  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  35.98 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  34.64 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.19 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.54 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 524 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.78 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 540 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.19 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 524 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2992  hypothetical protein  35.82 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.31 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 527 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.24 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0221  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.97 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.56 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3144  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.66 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 526 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 547 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 526 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.69 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.79 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5901  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134465 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1710  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.54 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00512206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0565  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4423  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  33.96 
 
 		 538 aa  132  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3733  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5669  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.66 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4635  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.07 
 
 		 525 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.74 
 
 		 528 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.21 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3820  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 302 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.85 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  36.86 
 
 		 534 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  37 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.32 
 
 		 539 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.06 
 
 		 542 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3588  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.94 
 
 		 561 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.96 
 
 		 540 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.82 
 
 		 515 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  31.41 
 
 		 543 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0941  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 285 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.54 
 
 		 529 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1256  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.65 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0765921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 545 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.7 
 
 		 551 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 		 542 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 		 542 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 527 aa  122  8e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 		 542 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.21 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>