More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4291 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  553  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5758  inner-membrane translocator  60.07 
 
 		 289 aa  338  9e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3203  branched chain amino acid ABC transporter permease  61.27 
 
 		 290 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2664  inner-membrane translocator  60.5 
 
 		 290 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3019  inner-membrane translocator  59.43 
 
 		 290 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.49585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3321  inner-membrane translocator  60.42 
 
 		 290 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0808  inner-membrane translocator  58.51 
 
 		 289 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1561  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.52 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0350  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  44.03 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  43.01 
 
 		 554 aa  183  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.28 
 
 		 558 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 537 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.78 
 
 		 537 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.14 
 
 		 545 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 537 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  40.14 
 
 		 520 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.36 
 
 		 523 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 542 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.72 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 545 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 534 aa  172  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 542 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 548 aa  169  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  41.97 
 
 		 540 aa  168  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  37.59 
 
 		 542 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.54 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  36.86 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 551 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.42 
 
 		 551 aa  165  8e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.54 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.89 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.83 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.93 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.11 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 524 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 524 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  37 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.54 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.1 
 
 		 550 aa  161  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 547 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.51 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 537 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.28 
 
 		 545 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 527 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.84 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  36.88 
 
 		 543 aa  157  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3144  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.15 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.46 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 526 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.09 
 
 		 525 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.77 
 
 		 540 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  37.55 
 
 		 538 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5901  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134465 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.49 
 
 		 528 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.69 
 
 		 539 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1309  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.72 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0221  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.86 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3588  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.71 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 526 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.37 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.77 
 
 		 542 aa  148  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.27 
 
 		 539 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2992  hypothetical protein  34.94 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.67 
 
 		 549 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.54 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 539 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.67 
 
 		 539 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.4 
 
 		 540 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 540 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 538 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 524 aa  145  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 538 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.27 
 
 		 515 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.37 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.23 
 
 		 543 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.91 
 
 		 539 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 539 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 539 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.04 
 
 		 542 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  35.04 
 
 		 542 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.58 
 
 		 552 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 545 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 527 aa  142  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.86 
 
 		 543 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5669  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.39 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3733  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4635  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>