More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1044 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1044  inner-membrane translocator  100 
 
 		 285 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0941  inner-membrane translocator  95.44 
 
 		 285 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1256  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  63.57 
 
 		 285 aa  319  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0765921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 291 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.79 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.72 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 524 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 524 aa  155  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.74 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0350  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  35.92 
 
 		 542 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3820  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 534 aa  148  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 526 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 548 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.55 
 
 		 528 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5758  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.51 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 547 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.47 
 
 		 558 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.58 
 
 		 545 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.72 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 527 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 540 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  33.22 
 
 		 543 aa  141  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  36.3 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1561  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.87 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.26 
 
 		 545 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  34.96 
 
 		 545 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 537 aa  139  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.33 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5901  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.01 
 
 		 551 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.34 
 
 		 539 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.26 
 
 		 550 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 551 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 539 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.34 
 
 		 539 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 539 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.16 
 
 		 537 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  29.83 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 542 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 291 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  33.7 
 
 		 538 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.34 
 
 		 549 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.58 
 
 		 540 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  34.96 
 
 		 553 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.92 
 
 		 515 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.59 
 
 		 552 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 526 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.14 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  34.96 
 
 		 539 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.96 
 
 		 539 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  31.69 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.93 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  35.04 
 
 		 542 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 527 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.7 
 
 		 520 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.95 
 
 		 525 aa  132  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.1 
 
 		 523 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  33.58 
 
 		 538 aa  132  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 542 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.15 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 540 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 542 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 542 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 554 aa  132  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 538 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.33 
 
 		 539 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 		 542 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.83 
 
 		 543 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.96 
 
 		 543 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.96 
 
 		 543 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2992  hypothetical protein  35.97 
 
 		 278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  34.46 
 
 		 538 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.46 
 
 		 540 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.57 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 639 aa  129  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  35.99 
 
 		 534 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 545 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.86 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.85 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3725  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0553822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.5 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1309  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.12 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29415  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>