More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4018 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1944  inner-membrane translocator  64.85 
 
 		 642 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0300  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  64.91 
 
 		 642 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.247535  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  63.99 
 
 		 642 aa  717    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  100 
 
 		 639 aa  1243    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.44 
 
 		 558 aa  286  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  49.83 
 
 		 534 aa  277  4e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  50.72 
 
 		 540 aa  270  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.39 
 
 		 523 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 547 aa  265  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  48.62 
 
 		 545 aa  264  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  47.9 
 
 		 551 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  45.2 
 
 		 548 aa  262  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  50.7 
 
 		 554 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.88 
 
 		 537 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  49.28 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  47.95 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  53 
 
 		 545 aa  258  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  50.88 
 
 		 542 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.82 
 
 		 520 aa  256  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  49.82 
 
 		 537 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  50.88 
 
 		 542 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  49.82 
 
 		 537 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.82 
 
 		 550 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.47 
 
 		 545 aa  247  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 526 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 537 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  44.58 
 
 		 524 aa  242  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  43.94 
 
 		 526 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  47.21 
 
 		 527 aa  239  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 524 aa  238  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.97 
 
 		 515 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.48 
 
 		 542 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  48.92 
 
 		 561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  47.48 
 
 		 542 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  47.48 
 
 		 538 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  47.48 
 
 		 540 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  47.48 
 
 		 540 aa  234  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  47.48 
 
 		 538 aa  234  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  47.12 
 
 		 542 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.12 
 
 		 542 aa  232  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.6 
 
 		 528 aa  230  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.85 
 
 		 540 aa  229  9e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.55 
 
 		 539 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  46.85 
 
 		 539 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  46.85 
 
 		 539 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  47.24 
 
 		 534 aa  228  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.21 
 
 		 539 aa  228  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 539 aa  228  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.4 
 
 		 539 aa  225  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  45.49 
 
 		 545 aa  225  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  40.94 
 
 		 543 aa  225  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.68 
 
 		 539 aa  223  8e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.96 
 
 		 552 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  45.88 
 
 		 553 aa  221  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.78 
 
 		 525 aa  221  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.24 
 
 		 549 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  42.96 
 
 		 538 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  43.02 
 
 		 524 aa  218  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.2 
 
 		 539 aa  217  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.48 
 
 		 551 aa  216  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  44.33 
 
 		 527 aa  216  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  43.79 
 
 		 526 aa  214  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 301 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.6 
 
 		 543 aa  212  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 522 aa  212  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.9 
 
 		 543 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.61 
 
 		 543 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 500 aa  211  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.82 
 
 		 529 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 529 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.71 
 
 		 533 aa  209  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.81 
 
 		 297 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  34.71 
 
 		 533 aa  208  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 302 aa  208  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  34.83 
 
 		 515 aa  208  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.15 
 
 		 529 aa  207  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.21 
 
 		 296 aa  206  7e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.32 
 
 		 495 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0189  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 567 aa  205  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.32 
 
 		 495 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  44.89 
 
 		 484 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  44.4 
 
 		 346 aa  200  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.86 
 
 		 292 aa  196  9e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5580  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.51 
 
 		 529 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.67 
 
 		 543 aa  194  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 294 aa  194  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  44.37 
 
 		 294 aa  194  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 592 aa  190  5.999999999999999e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 300 aa  190  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3799  inner-membrane translocator  41.42 
 
 		 294 aa  186  8e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.266224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.32 
 
 		 293 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.78 
 
 		 293 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 308 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0701  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.42 
 
 		 294 aa  180  5.999999999999999e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.879979  hitchhiker  0.000000462234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 308 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  41.44 
 
 		 300 aa  179  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.64 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.04 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.3 
 
 		 307 aa  178  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>