More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3725 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3725  inner-membrane translocator  100 
 
 		 294 aa  567  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0553822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0837  inner-membrane translocator  72.16 
 
 		 295 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997014  normal  0.129004 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  42.7 
 
 		 285 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  44.91 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.91 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  42.2 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.49 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  40.89 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 286 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  41.13 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1438  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 293 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.683973 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 287 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  40.85 
 
 		 628 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  39.36 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.82 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  42.38 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 652 aa  166  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  40.82 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 287 aa  161  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.36 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  38.95 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.36 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.65 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 548 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 547 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1378  inner-membrane translocator  41.26 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.07 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.15 
 
 		 523 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 630 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.85 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.52 
 
 		 656 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0009  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.978164  normal  0.0292693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  34.12 
 
 		 542 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>