242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0353 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0353  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  254  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4331  hypothetical protein  65.22 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.84486 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3545  hypothetical protein  59.66 
 
 		 122 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4010  hypothetical protein  62.28 
 
 		 124 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.571569  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0178  hypothetical protein  62.62 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.647134  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0187  hypothetical protein  58.88 
 
 		 125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4594  hypothetical protein  65.05 
 
 		 122 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.042758 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1042  hypothetical protein  54.87 
 
 		 122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0556279  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3014  hypothetical protein  46.79 
 
 		 127 aa  103  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0420  hypothetical protein  45.08 
 
 		 128 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0325  hypothetical protein  49.12 
 
 		 130 aa  100  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.493012  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0320  hypothetical protein  44.88 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0400  hypothetical protein  42.06 
 
 		 131 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0181  hypothetical protein  44.26 
 
 		 136 aa  97.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0439  hypothetical protein  45.9 
 
 		 128 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111388  normal  0.465101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0406  hypothetical protein  45.9 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.442549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0146  hypothetical protein  42.75 
 
 		 135 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3496  hypothetical protein  41.23 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.215369 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0116  hypothetical protein  45.28 
 
 		 118 aa  90.1  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3586  hypothetical protein  47.17 
 
 		 133 aa  88.2  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0293  protein of unknown function UPF0102  41.96 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.210059 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0175  hypothetical protein  37.01 
 
 		 139 aa  81.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0021  hypothetical protein  47.66 
 
 		 133 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0577391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0474  hypothetical protein  42.62 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2938  hypothetical protein  41.53 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.703285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0024  hypothetical protein  43.44 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0228023  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0572  hypothetical protein  40.71 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1703  hypothetical protein  33.33 
 
 		 123 aa  67  0.00000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3692  hypothetical protein  37.96 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.598845  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0339  hypothetical protein  42.06 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0692015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1530  hypothetical protein  32.76 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0048655  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1376  protein of unknown function UPF0102  34.69 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000032081  normal  0.333882 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07400  hypothetical protein  32.43 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2830  hypothetical protein  40.51 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31307  normal  0.486249 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3065  hypothetical protein  28.28 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0977  hypothetical protein  29.17 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.320606  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1992  hypothetical protein  38.95 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0016  hypothetical protein  37 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.197298  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004502  endonuclease  33.33 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000161677  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1156  hypothetical protein  38.38 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0160558  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3311  protein of unknown function UPF0102  40.62 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1475  endonuclease  37.5 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.733308  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00890  hypothetical protein  35.42 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0017  hypothetical protein  32.48 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457371  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2398  hypothetical protein  35.71 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.430013  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2655  hypothetical protein  30.7 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1407  protein of unknown function UPF0102  33.64 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.993674  normal  0.0549137 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0700  protein of unknown function UPF0102  34.78 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000202877  hitchhiker  0.000000354886 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0189  protein of unknown function UPF0102  33.94 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.452343  normal  0.48907 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3998  protein of unknown function UPF0102  37.5 
 
 		 139 aa  57  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2095  protein of unknown function UPF0102  34.62 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1291  protein of unknown function UPF0102  33.33 
 
 		 115 aa  57  0.00000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000677509  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4433  hypothetical protein  30.63 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0231  protein of unknown function UPF0102  35.24 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.819406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2217  hypothetical protein  35.14 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000089571  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2864  hypothetical protein  35.4 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00415914  hitchhiker  0.000000500394 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4524  hypothetical protein  32.99 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0666  hypothetical protein  33.62 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0397911  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0992  hypothetical protein  36.73 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.528214  normal  0.0951104 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1218  protein of unknown function UPF0102  31.86 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.648075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2261  hypothetical protein  38.14 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1969  hypothetical protein  39.29 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00399816  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0629  hypothetical protein  31.9 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2488  protein of unknown function UPF0102  41.3 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0776001  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2054  hypothetical protein  39.29 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.595954  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0650  hypothetical protein  38.39 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0017  hypothetical protein  33.33 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00052241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3709  protein of unknown function UPF0102  41.82 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2202  hypothetical protein  36.84 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.474644  normal  0.174288 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1272  protein of unknown function UPF0102  32.29 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2201  hypothetical protein  36.21 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3694  hypothetical protein  36.08 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3485  hypothetical protein  35.71 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000340579 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2007  hypothetical protein  33 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.63182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0756  hypothetical protein  34.82 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.477778  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0142  conserved hypothetical protein TIGR00252  34.74 
 
 		 121 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3424  hypothetical protein  35.71 
 
 		 125 aa  52.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1406  protein of unknown function UPF0102  34.38 
 
 		 114 aa  53.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0546  hypothetical protein  29.09 
 
 		 115 aa  53.5  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.672576  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0315  protein of unknown function UPF0102  34.74 
 
 		 121 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225244 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0037  hypothetical protein  31.62 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5877  protein of unknown function UPF0102  33.33 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.662779 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2103  hypothetical protein  34.02 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.374615  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0669  hypothetical protein  36.46 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0355  hypothetical protein  33.33 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1910  hypothetical protein  39.64 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.179028  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3586  hypothetical protein  37.5 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03356  Sigma-54 factor  31.96 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5237  protein of unknown function UPF0102  32.61 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2464  hypothetical protein  35.24 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164658  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1406  protein of unknown function UPF0102  34.85 
 
 		 173 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000418677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0112  hypothetical protein  31.63 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1324  hypothetical protein  31.96 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4400  hypothetical protein  31.96 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.147019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1062  hypothetical protein  36.89 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340253 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0695  hypothetical protein  29.7 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000229548  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0671  hypothetical protein  29.7 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000156143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2474  hypothetical protein  37.5 
 
 		 118 aa  51.6  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0253334  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4114  hypothetical protein  29.41 
 
 		 123 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0503  hypothetical protein  33.65 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.451178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>