280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0420 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0420  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  255  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0400  hypothetical protein  90.08 
 
 		 131 aa  232  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0320  hypothetical protein  82.11 
 
 		 135 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0146  hypothetical protein  78.99 
 
 		 135 aa  194  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0181  hypothetical protein  75.4 
 
 		 136 aa  192  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0116  hypothetical protein  78.45 
 
 		 118 aa  185  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0325  hypothetical protein  68.46 
 
 		 130 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.493012  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0187  hypothetical protein  52.21 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0178  hypothetical protein  53.1 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.647134  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1042  hypothetical protein  47.01 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0556279  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3545  hypothetical protein  51.33 
 
 		 122 aa  107  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3586  hypothetical protein  50.89 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4010  hypothetical protein  50.89 
 
 		 124 aa  103  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.571569  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0353  hypothetical protein  45.08 
 
 		 128 aa  100  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0439  hypothetical protein  53.39 
 
 		 128 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111388  normal  0.465101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0406  hypothetical protein  53.39 
 
 		 128 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.442549 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4331  hypothetical protein  48.67 
 
 		 122 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.84486 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0293  protein of unknown function UPF0102  47.86 
 
 		 124 aa  94.4  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.210059 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3496  hypothetical protein  47.27 
 
 		 125 aa  92  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.215369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0024  hypothetical protein  49.22 
 
 		 129 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0228023  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3014  hypothetical protein  47.17 
 
 		 127 aa  91.3  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0339  hypothetical protein  51.85 
 
 		 127 aa  90.9  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0692015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0021  hypothetical protein  49.54 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0577391 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4594  hypothetical protein  48.54 
 
 		 122 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.042758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0175  hypothetical protein  47.37 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3692  hypothetical protein  45.79 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.598845  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0474  hypothetical protein  52.07 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2230  protein of unknown function UPF0102  46.61 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0169041  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0189  protein of unknown function UPF0102  41.96 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.452343  normal  0.48907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2938  hypothetical protein  41.18 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.703285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0037  hypothetical protein  39.09 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1291  protein of unknown function UPF0102  40.54 
 
 		 115 aa  76.6  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000677509  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2398  hypothetical protein  38.18 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.430013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1703  hypothetical protein  38.6 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0262  hypothetical protein  42.55 
 
 		 116 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.605183  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5237  protein of unknown function UPF0102  36.36 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3870  protein of unknown function UPF0102  39.42 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3919  protein of unknown function UPF0102  39.42 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000143067  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3485  hypothetical protein  35.25 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000340579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0572  hypothetical protein  38.26 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0503  hypothetical protein  35.71 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.451178 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2261  hypothetical protein  45.16 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0733  hypothetical protein  36.7 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.646389 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0170  protein of unknown function UPF0102  32.35 
 
 		 108 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1509  hypothetical protein  31.86 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3298  hypothetical protein  40 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.861672  normal  0.570212 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3424  hypothetical protein  34.43 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0093  hypothetical protein  30.97 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.560974  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1413  hypothetical protein  28.44 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0142  conserved hypothetical protein TIGR00252  38.46 
 
 		 121 aa  67  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0315  protein of unknown function UPF0102  38.46 
 
 		 121 aa  67  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225244 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2298  hypothetical protein  36.84 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0216  hypothetical protein  27.84 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1901  formate dehydrogenase H large subunit  32.04 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1959  hypothetical protein  35.79 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.142549  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0629  hypothetical protein  35.04 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1475  endonuclease  38.05 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.733308  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1093  endonuclease-like  42.31 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1186  hypothetical protein  35.29 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00400032  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0355  hypothetical protein  35.35 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0017  hypothetical protein  40 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00052241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2217  hypothetical protein  35.96 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000089571  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0781  hypothetical protein  40.51 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_687  endonuclease  41.77 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2083  hypothetical protein  44.12 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3146  sigma-54 factor  36.89 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0546  hypothetical protein  30.91 
 
 		 115 aa  63.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.672576  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0016  hypothetical protein  36.84 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.197298  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0294  hypothetical protein  34.21 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2103  hypothetical protein  41.11 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.374615  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1530  hypothetical protein  33.04 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0048655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2054  hypothetical protein  37.38 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.595954  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1677  hypothetical protein  35.79 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.238653  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1969  hypothetical protein  37.38 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00399816  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2303  hypothetical protein  31.4 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0306992  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2019  protein of unknown function UPF0102  39.32 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.573307  normal  0.167847 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0707  hypothetical protein  37.76 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3585  hypothetical protein  34.95 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.186326 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1695  hypothetical protein  31.82 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0017  hypothetical protein  37.82 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457371  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0465  hypothetical protein  33.02 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4800  hypothetical protein  37.37 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4524  hypothetical protein  35.48 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0702  hypothetical protein  27.62 
 
 		 112 aa  60.1  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.254087  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0650  hypothetical protein  38.26 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0756  hypothetical protein  35.96 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.477778  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2864  hypothetical protein  38.39 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00415914  hitchhiker  0.000000500394 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07400  hypothetical protein  30.97 
 
 		 116 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00890  hypothetical protein  36.73 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0701  hypothetical protein  33.93 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3265  hypothetical protein  38.78 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0144  hypothetical protein  28.26 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0163  hypothetical protein  27.17 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3135  hypothetical protein  36.75 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2198  hypothetical protein  35.71 
 
 		 172 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00219221  decreased coverage  0.00807275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3463  hypothetical protein  36.75 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2202  hypothetical protein  34.91 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.474644  normal  0.174288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0630  hypothetical protein  40.87 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0184  hypothetical protein  28.26 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.805797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1324  hypothetical protein  34.41 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294844  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>