104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4385 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4385  Prenyltransferase/squalene oxidase  100 
 
 		 560 aa  1124    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2756  prenyltransferase/squalene oxidase  34.66 
 
 		 554 aa  230  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  23.1 
 
 		 679 aa  97.1  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  26.48 
 
 		 640 aa  95.5  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  22.19 
 
 		 657 aa  94.4  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0903  Squalene cyclase-like protein  24.47 
 
 		 697 aa  93.6  9e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  22.34 
 
 		 679 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  23.55 
 
 		 631 aa  89  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  22.02 
 
 		 684 aa  87.8  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  22.91 
 
 		 679 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  28.4 
 
 		 654 aa  85.1  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  26.28 
 
 		 644 aa  84.3  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  27.68 
 
 		 656 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  25.63 
 
 		 633 aa  82.4  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  24.23 
 
 		 669 aa  81.6  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  26.32 
 
 		 679 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  21.76 
 
 		 680 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  27.7 
 
 		 654 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  26.1 
 
 		 663 aa  77  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  28.94 
 
 		 695 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  26.69 
 
 		 680 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  26.64 
 
 		 688 aa  74.7  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  25.88 
 
 		 649 aa  74.7  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  24.48 
 
 		 617 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  24.7 
 
 		 617 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  28.28 
 
 		 654 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  24.13 
 
 		 617 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  25.36 
 
 		 657 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  25.36 
 
 		 657 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  25.36 
 
 		 657 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  24.46 
 
 		 643 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  23.43 
 
 		 617 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  23.08 
 
 		 617 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  25.85 
 
 		 617 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  25.08 
 
 		 651 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  27.27 
 
 		 654 aa  70.5  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 651 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 651 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 657 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 657 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 657 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  25.8 
 
 		 662 aa  70.1  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  23.08 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  23.08 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 657 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 657 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  24.64 
 
 		 657 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  25 
 
 		 657 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  25.42 
 
 		 617 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  27.53 
 
 		 619 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  26.52 
 
 		 643 aa  68.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  22.03 
 
 		 647 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  26.52 
 
 		 643 aa  68.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  25.36 
 
 		 657 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  24.64 
 
 		 657 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  25.61 
 
 		 657 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  25.15 
 
 		 668 aa  67.8  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  29.36 
 
 		 719 aa  67.4  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  27.15 
 
 		 730 aa  67  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  27.86 
 
 		 654 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  27.83 
 
 		 705 aa  65.1  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  28.62 
 
 		 689 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  28.99 
 
 		 672 aa  65.5  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  27.21 
 
 		 653 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4682  hypothetical protein  22.88 
 
 		 523 aa  64.3  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000297224  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  21.17 
 
 		 617 aa  63.9  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  26.2 
 
 		 645 aa  63.5  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  25 
 
 		 677 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  26.07 
 
 		 598 aa  62  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  28.57 
 
 		 667 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  22.8 
 
 		 710 aa  60.8  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  26.46 
 
 		 737 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  24.65 
 
 		 673 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  25.52 
 
 		 741 aa  59.7  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  22.82 
 
 		 684 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  25.45 
 
 		 730 aa  58.9  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  26.48 
 
 		 663 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  23.57 
 
 		 653 aa  58.2  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  22.26 
 
 		 632 aa  53.9  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13413  cyclase  31.69 
 
 		 501 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  25.15 
 
 		 618 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_77382  Lanosterol synthase (Oxidosqualene--lanosterol cyclase) (2,3-epoxysqualene--lanosterol cyclase) (OSC)  25.62 
 
 		 728 aa  51.6  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  26.01 
 
 		 676 aa  51.6  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  24.64 
 
 		 654 aa  51.2  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  27.13 
 
 		 678 aa  50.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  28.92 
 
 		 659 aa  50.8  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3222  Squalene cyclase-like protein  26.64 
 
 		 660 aa  50.4  0.00008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  28.51 
 
 		 667 aa  50.4  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  29.92 
 
 		 670 aa  50.1  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  28.51 
 
 		 667 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.64 
 
 		 738 aa  48.9  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3256  hypothetical protein  37.23 
 
 		 531 aa  49.7  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.135304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  23.93 
 
 		 654 aa  48.5  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  23.6 
 
 		 661 aa  47.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  27.92 
 
 		 682 aa  47.4  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  26.9 
 
 		 678 aa  47.4  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  24.87 
 
 		 678 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3808  hypothetical protein  33.68 
 
 		 545 aa  47  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2017  hypothetical protein  30.06 
 
 		 593 aa  46.2  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0244716  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  32.58 
 
 		 728 aa  45.4  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>