121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2756 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2756  prenyltransferase/squalene oxidase  100 
 
 		 554 aa  1083    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4385  Prenyltransferase/squalene oxidase  34.66 
 
 		 560 aa  250  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0903  Squalene cyclase-like protein  32.35 
 
 		 697 aa  226  8e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  26.22 
 
 		 657 aa  160  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  27.46 
 
 		 631 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  28.09 
 
 		 644 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  30.4 
 
 		 633 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 651 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 651 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  27.79 
 
 		 695 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 657 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 657 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 657 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 657 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  28.15 
 
 		 657 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  28.21 
 
 		 657 aa  124  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  24.57 
 
 		 679 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  27.48 
 
 		 669 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  28.87 
 
 		 640 aa  120  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  23.96 
 
 		 679 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  26.25 
 
 		 710 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  27.56 
 
 		 684 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  33.13 
 
 		 649 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  27.58 
 
 		 657 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  24.68 
 
 		 688 aa  117  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  26.38 
 
 		 684 aa  114  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  27.58 
 
 		 657 aa  114  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  33.96 
 
 		 657 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  33.96 
 
 		 657 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  33.96 
 
 		 657 aa  113  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  36.19 
 
 		 654 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  35 
 
 		 657 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  25.71 
 
 		 654 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  28.39 
 
 		 679 aa  110  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  32.8 
 
 		 654 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  34.3 
 
 		 657 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  32.25 
 
 		 654 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  25.8 
 
 		 617 aa  107  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  25.99 
 
 		 719 aa  107  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  29.48 
 
 		 643 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  25.72 
 
 		 741 aa  104  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  25.71 
 
 		 617 aa  103  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  32.73 
 
 		 645 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  25.27 
 
 		 617 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  25 
 
 		 617 aa  100  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  25.74 
 
 		 617 aa  100  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  20.66 
 
 		 679 aa  100  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  25.16 
 
 		 617 aa  99.8  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  25.16 
 
 		 617 aa  100  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  25.16 
 
 		 617 aa  99.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  26.03 
 
 		 654 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  33.21 
 
 		 677 aa  99.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  31.9 
 
 		 737 aa  98.6  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  30.4 
 
 		 663 aa  99  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  25.36 
 
 		 617 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  25.77 
 
 		 682 aa  97.4  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  23.63 
 
 		 680 aa  97.4  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  23.19 
 
 		 680 aa  97.1  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  27.41 
 
 		 647 aa  97.1  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  32.23 
 
 		 663 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  29.81 
 
 		 730 aa  96.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  25.81 
 
 		 656 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  33.21 
 
 		 598 aa  95.5  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4682  hypothetical protein  26.17 
 
 		 523 aa  95.9  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000297224  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  32.48 
 
 		 654 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  25.95 
 
 		 653 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  31.23 
 
 		 659 aa  94.4  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  35 
 
 		 678 aa  94.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  27.64 
 
 		 651 aa  94.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  24.92 
 
 		 617 aa  94  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  23.04 
 
 		 632 aa  94  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  32.23 
 
 		 643 aa  94  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  32.23 
 
 		 643 aa  94  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  27.94 
 
 		 668 aa  93.6  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  30.6 
 
 		 662 aa  93.2  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  31.07 
 
 		 667 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  26.38 
 
 		 676 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  28.88 
 
 		 730 aa  91.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  31.75 
 
 		 689 aa  90.1  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  31.14 
 
 		 678 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  33.94 
 
 		 673 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  31.62 
 
 		 653 aa  89  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  28.57 
 
 		 661 aa  89  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  25.42 
 
 		 683 aa  88.6  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  24.66 
 
 		 678 aa  87.8  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  30.8 
 
 		 687 aa  87  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  30.8 
 
 		 687 aa  87  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  31.07 
 
 		 665 aa  87  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  26.23 
 
 		 728 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  30.88 
 
 		 654 aa  85.5  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  28.88 
 
 		 619 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  33.13 
 
 		 663 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  30.1 
 
 		 684 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  31.79 
 
 		 667 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  31.79 
 
 		 667 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  22.48 
 
 		 637 aa  79.7  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  31.56 
 
 		 672 aa  77.4  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  26.52 
 
 		 670 aa  76.6  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  27.47 
 
 		 705 aa  76.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  30.41 
 
 		 738 aa  66.2  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>