109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0903 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0903  Squalene cyclase-like protein  100 
 
 		 697 aa  1423    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2756  prenyltransferase/squalene oxidase  31.15 
 
 		 554 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  24.33 
 
 		 695 aa  110  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  25.16 
 
 		 710 aa  108  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  27.09 
 
 		 689 aa  105  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  23.17 
 
 		 657 aa  103  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  22.71 
 
 		 688 aa  101  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  25.25 
 
 		 684 aa  101  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  29.01 
 
 		 654 aa  99  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  23.23 
 
 		 679 aa  97.4  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  24.37 
 
 		 633 aa  95.9  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  24.93 
 
 		 640 aa  95.1  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  94.4  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  94.4  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  94.4  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  94.4  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  94.4  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 651 aa  94  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  23.98 
 
 		 651 aa  94  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4385  Prenyltransferase/squalene oxidase  24.47 
 
 		 560 aa  93.6  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  24.96 
 
 		 644 aa  93.2  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  92.8  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  24.19 
 
 		 643 aa  91.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  24.88 
 
 		 654 aa  90.9  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  23.67 
 
 		 657 aa  91.3  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  23.53 
 
 		 617 aa  90.9  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  23.53 
 
 		 617 aa  90.9  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  23.37 
 
 		 654 aa  90.5  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  24.44 
 
 		 649 aa  90.5  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  23.7 
 
 		 617 aa  90.5  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  23.34 
 
 		 617 aa  90.1  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  23.51 
 
 		 657 aa  89.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  25.39 
 
 		 663 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  23.91 
 
 		 631 aa  88.6  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  28.17 
 
 		 654 aa  87.8  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  22.84 
 
 		 651 aa  87.4  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  23.08 
 
 		 730 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  23.67 
 
 		 617 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  22.79 
 
 		 647 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  24.88 
 
 		 654 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  28.23 
 
 		 619 aa  86.3  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  28.37 
 
 		 617 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  29.41 
 
 		 617 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  23.05 
 
 		 680 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  24.19 
 
 		 679 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  28.43 
 
 		 667 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  22.76 
 
 		 657 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  22.77 
 
 		 680 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  28.77 
 
 		 617 aa  84.7  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  28 
 
 		 617 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  26.54 
 
 		 669 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  25.94 
 
 		 719 aa  83.2  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  22.69 
 
 		 617 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  21.93 
 
 		 684 aa  82  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  27.48 
 
 		 654 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  25.89 
 
 		 645 aa  81.6  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  24.36 
 
 		 598 aa  81.6  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  24.4 
 
 		 679 aa  80.9  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  23.27 
 
 		 677 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  25.53 
 
 		 679 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  26.86 
 
 		 657 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  25.37 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  26.86 
 
 		 657 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  26.86 
 
 		 657 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  28.1 
 
 		 657 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  23.85 
 
 		 741 aa  77.4  0.0000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  24.93 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  25.82 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  28 
 
 		 668 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  26.81 
 
 		 737 aa  74.7  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08249  conserved hypothetical protein  25.94 
 
 		 716 aa  74.7  0.000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696881  normal  0.423433 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  25.44 
 
 		 730 aa  74.3  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  25.58 
 
 		 667 aa  74.3  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  25.58 
 
 		 667 aa  74.3  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  28.43 
 
 		 673 aa  73.9  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  27.86 
 
 		 653 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  26.01 
 
 		 659 aa  73.9  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  22.76 
 
 		 682 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  29.04 
 
 		 665 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  26.87 
 
 		 683 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  28.27 
 
 		 643 aa  73.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  28.27 
 
 		 643 aa  73.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  25.32 
 
 		 705 aa  71.6  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  25.08 
 
 		 654 aa  71.6  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  29.4 
 
 		 661 aa  71.2  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  26.99 
 
 		 684 aa  70.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  27.27 
 
 		 687 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  27.27 
 
 		 687 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  25.08 
 
 		 662 aa  70.1  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  26.47 
 
 		 678 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  27 
 
 		 678 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  27.6 
 
 		 676 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  26.56 
 
 		 653 aa  68.6  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  23.86 
 
 		 672 aa  68.2  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  25.59 
 
 		 670 aa  66.2  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  25.08 
 
 		 656 aa  65.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  26.62 
 
 		 678 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  23.29 
 
 		 618 aa  65.5  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  25.39 
 
 		 637 aa  65.1  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4682  hypothetical protein  23.13 
 
 		 523 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000297224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>