109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1904 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  100 
 
 		 705 aa  1457    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  43.16 
 
 		 657 aa  573  1.0000000000000001e-162  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  39.85 
 
 		 679 aa  534  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  39.91 
 
 		 679 aa  522  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  39.46 
 
 		 684 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  38.92 
 
 		 679 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  38.09 
 
 		 679 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  39.22 
 
 		 680 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  39.64 
 
 		 730 aa  499  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  38.81 
 
 		 647 aa  499  1e-140  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  39.06 
 
 		 680 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  38.6 
 
 		 651 aa  498  1e-139  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  38.7 
 
 		 637 aa  490  1e-137  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  38.99 
 
 		 730 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  38.54 
 
 		 688 aa  488  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  39.61 
 
 		 640 aa  486  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  37.63 
 
 		 643 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  38.39 
 
 		 668 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  39.67 
 
 		 657 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  39.52 
 
 		 657 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  39.52 
 
 		 657 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  39.52 
 
 		 657 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  39.67 
 
 		 657 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  38.78 
 
 		 657 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  38.59 
 
 		 656 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  39.05 
 
 		 651 aa  465  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  39.05 
 
 		 651 aa  465  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  37.75 
 
 		 737 aa  465  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  40.66 
 
 		 678 aa  465  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  35.81 
 
 		 632 aa  465  1e-129  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  465  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  465  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  39.08 
 
 		 657 aa  465  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  38.26 
 
 		 644 aa  462  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  38.13 
 
 		 649 aa  465  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  38.75 
 
 		 657 aa  465  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  39.29 
 
 		 677 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  40.21 
 
 		 676 aa  465  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  39.76 
 
 		 633 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  39.52 
 
 		 669 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  35.84 
 
 		 687 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  35.84 
 
 		 687 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  37.85 
 
 		 662 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  36.51 
 
 		 678 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  38.2 
 
 		 653 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  38.32 
 
 		 654 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  36.06 
 
 		 682 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  38.29 
 
 		 665 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  35.72 
 
 		 678 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  38.4 
 
 		 663 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  35.55 
 
 		 684 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  36.58 
 
 		 667 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  37.61 
 
 		 663 aa  445  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  37.59 
 
 		 654 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  37.33 
 
 		 654 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  38.44 
 
 		 654 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  35.84 
 
 		 710 aa  436  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  35.99 
 
 		 719 aa  436  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  36.01 
 
 		 683 aa  438  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  36.79 
 
 		 645 aa  438  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  36.31 
 
 		 659 aa  435  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  37.33 
 
 		 741 aa  435  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  36.42 
 
 		 661 aa  435  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  37.11 
 
 		 667 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  39.19 
 
 		 654 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  38.59 
 
 		 654 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  36.97 
 
 		 667 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  35.92 
 
 		 695 aa  427  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  36.83 
 
 		 653 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  35.27 
 
 		 643 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  35.27 
 
 		 643 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  36.81 
 
 		 684 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  36.43 
 
 		 654 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  35.58 
 
 		 689 aa  419  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  34.89 
 
 		 631 aa  417  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  37.97 
 
 		 663 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  36.42 
 
 		 728 aa  413  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  36.64 
 
 		 672 aa  415  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  37.34 
 
 		 598 aa  412  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  37.1 
 
 		 673 aa  405  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  28.7 
 
 		 617 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  28.55 
 
 		 617 aa  259  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  28.55 
 
 		 617 aa  258  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  28.55 
 
 		 617 aa  258  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  29.06 
 
 		 617 aa  256  7e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  28.4 
 
 		 617 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  28.55 
 
 		 617 aa  254  3e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  28.55 
 
 		 617 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  28.4 
 
 		 617 aa  252  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  27.5 
 
 		 617 aa  251  3e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  27.73 
 
 		 619 aa  249  1e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  27.79 
 
 		 618 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  27.43 
 
 		 670 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  24.36 
 
 		 682 aa  172  2e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  24.28 
 
 		 720 aa  145  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  24.21 
 
 		 738 aa  145  3e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09189  squalene-hopene-cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00260)  31.16 
 
 		 426 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.178014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>