113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4403 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  52.83 
 
 		 654 aa  648    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  54.3 
 
 		 659 aa  711    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  66.27 
 
 		 678 aa  906    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  52.15 
 
 		 653 aa  679    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  100 
 
 		 661 aa  1361    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  66.12 
 
 		 687 aa  899    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  68.55 
 
 		 682 aa  913    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  66.12 
 
 		 687 aa  899    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  69.3 
 
 		 683 aa  904    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  67.84 
 
 		 684 aa  899    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  67.94 
 
 		 678 aa  906    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  53.23 
 
 		 643 aa  650    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  53.23 
 
 		 643 aa  650    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  63.11 
 
 		 598 aa  785    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  52.52 
 
 		 669 aa  634  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  50.77 
 
 		 654 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  49.85 
 
 		 657 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  49.85 
 
 		 657 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  49.69 
 
 		 657 aa  618  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  49.69 
 
 		 657 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  50.54 
 
 		 649 aa  613  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  50.23 
 
 		 657 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  49.22 
 
 		 654 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  49.31 
 
 		 657 aa  611  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  49.69 
 
 		 657 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  50.38 
 
 		 663 aa  611  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 651 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 651 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  49.77 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  50 
 
 		 653 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  50.16 
 
 		 654 aa  599  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  49.45 
 
 		 657 aa  597  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  50.16 
 
 		 645 aa  596  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  52.33 
 
 		 673 aa  595  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  49.69 
 
 		 654 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  49.23 
 
 		 662 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  49.38 
 
 		 677 aa  594  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  49.06 
 
 		 656 aa  589  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  49.92 
 
 		 676 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  50.08 
 
 		 678 aa  588  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  48.09 
 
 		 667 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  48.17 
 
 		 654 aa  582  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  48.64 
 
 		 663 aa  581  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  49.15 
 
 		 672 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  48.48 
 
 		 665 aa  571  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  48.32 
 
 		 667 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  48.32 
 
 		 667 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  43.07 
 
 		 730 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  42.88 
 
 		 719 aa  520  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  42.88 
 
 		 730 aa  515  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  42.59 
 
 		 737 aa  501  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  42.34 
 
 		 679 aa  501  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  41.9 
 
 		 679 aa  500  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  41.77 
 
 		 679 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  42.07 
 
 		 680 aa  490  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  41.76 
 
 		 680 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  40.65 
 
 		 679 aa  484  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  40.31 
 
 		 684 aa  476  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  40.22 
 
 		 688 aa  450  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  38.8 
 
 		 657 aa  444  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  36.5 
 
 		 705 aa  441  9.999999999999999e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  38.11 
 
 		 643 aa  432  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  37.23 
 
 		 637 aa  423  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  37.44 
 
 		 668 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  39.19 
 
 		 640 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  35.46 
 
 		 647 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  35.08 
 
 		 651 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  35.74 
 
 		 632 aa  404  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  40.09 
 
 		 633 aa  405  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  40.4 
 
 		 689 aa  402  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  37.09 
 
 		 631 aa  395  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  36.56 
 
 		 710 aa  390  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  38.3 
 
 		 644 aa  385  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  36.69 
 
 		 741 aa  377  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  37.6 
 
 		 654 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  34.45 
 
 		 695 aa  360  6e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  35.04 
 
 		 728 aa  357  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  35.68 
 
 		 684 aa  355  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  30.16 
 
 		 618 aa  241  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  27.8 
 
 		 619 aa  227  4e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  27.52 
 
 		 617 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  26.86 
 
 		 617 aa  219  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  26.78 
 
 		 617 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  27.01 
 
 		 617 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  26.57 
 
 		 617 aa  218  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  26.26 
 
 		 617 aa  215  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  26.5 
 
 		 617 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  26.96 
 
 		 617 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  26.26 
 
 		 617 aa  213  7e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  26.26 
 
 		 617 aa  213  7e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  27.75 
 
 		 670 aa  162  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  26.26 
 
 		 720 aa  150  8e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08249  conserved hypothetical protein  25.48 
 
 		 716 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696881  normal  0.423433 
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.38 
 
 		 738 aa  139  2e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09189  squalene-hopene-cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00260)  34.41 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.178014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>