113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3360 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  72.24 
 
 		 679 aa  1051    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  71.64 
 
 		 679 aa  1048    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  53.8 
 
 		 688 aa  715    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  72.38 
 
 		 679 aa  1058    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  77.79 
 
 		 679 aa  1142    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  96.18 
 
 		 680 aa  1343    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  71.22 
 
 		 684 aa  1028    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  100 
 
 		 680 aa  1410    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  49.2 
 
 		 647 aa  633  1e-180  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  48.26 
 
 		 651 aa  631  1e-179  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  49.76 
 
 		 643 aa  625  1e-177  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  48.89 
 
 		 668 aa  616  1e-175  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  47.6 
 
 		 637 aa  612  9.999999999999999e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  46.42 
 
 		 632 aa  591  1e-167  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  42.61 
 
 		 657 aa  584  1.0000000000000001e-165  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  47.99 
 
 		 631 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  44.18 
 
 		 730 aa  570  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  46.94 
 
 		 640 aa  568  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  42.65 
 
 		 737 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  43.67 
 
 		 730 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  46.62 
 
 		 633 aa  556  1e-157  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  47.54 
 
 		 644 aa  557  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  42.42 
 
 		 710 aa  542  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  41.9 
 
 		 695 aa  529  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  43.83 
 
 		 741 aa  525  1e-147  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  43.46 
 
 		 689 aa  521  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  42.5 
 
 		 728 aa  521  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  43.87 
 
 		 654 aa  518  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  39.22 
 
 		 705 aa  514  1e-144  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  42.34 
 
 		 719 aa  512  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  41.38 
 
 		 659 aa  508  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  40.81 
 
 		 684 aa  508  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  41.78 
 
 		 687 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  41.78 
 
 		 687 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  42.19 
 
 		 654 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  40.75 
 
 		 657 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 651 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 651 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  41.89 
 
 		 654 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  40.35 
 
 		 657 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  40.35 
 
 		 657 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 657 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 657 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 657 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  41.18 
 
 		 684 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  40.35 
 
 		 657 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  40.25 
 
 		 657 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  41.05 
 
 		 657 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 657 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  41.1 
 
 		 657 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  40.6 
 
 		 649 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  40.44 
 
 		 657 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  41.32 
 
 		 678 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  41.59 
 
 		 677 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  40.54 
 
 		 663 aa  493  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  42.43 
 
 		 654 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  41.65 
 
 		 678 aa  490  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  41.78 
 
 		 682 aa  492  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  41.27 
 
 		 669 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  41.84 
 
 		 661 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  40.47 
 
 		 657 aa  489  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  41.77 
 
 		 678 aa  482  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  40.64 
 
 		 645 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  40.96 
 
 		 683 aa  480  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  41.18 
 
 		 643 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  41.18 
 
 		 643 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  41.68 
 
 		 663 aa  481  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  42.67 
 
 		 654 aa  478  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  40.61 
 
 		 656 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  41.6 
 
 		 653 aa  479  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  41.32 
 
 		 598 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  42.59 
 
 		 654 aa  475  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  40.76 
 
 		 662 aa  472  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  41.39 
 
 		 676 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  42.09 
 
 		 665 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  41.37 
 
 		 667 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  41.21 
 
 		 654 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  39.84 
 
 		 653 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  41.69 
 
 		 667 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  41.53 
 
 		 667 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  41.63 
 
 		 663 aa  452  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  40.75 
 
 		 673 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  41.27 
 
 		 672 aa  444  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  35.77 
 
 		 618 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  34.33 
 
 		 619 aa  316  9.999999999999999e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  32.3 
 
 		 617 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  32.41 
 
 		 617 aa  311  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  32.74 
 
 		 617 aa  310  4e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  31.76 
 
 		 617 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  31.81 
 
 		 617 aa  307  3e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  31.81 
 
 		 617 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  32.57 
 
 		 617 aa  306  6e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  31.81 
 
 		 617 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  31.81 
 
 		 617 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  31.11 
 
 		 617 aa  300  7e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  25.36 
 
 		 682 aa  191  4e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.38 
 
 		 738 aa  177  4e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  25.56 
 
 		 720 aa  169  1e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  26.29 
 
 		 670 aa  169  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11065  oxidosqualene:lanosterol cyclase (AFU_orthologue; AFUA_5G04080)  25.54 
 
 		 749 aa  166  1.0000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>