115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1944 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
651 aa  803    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  59.72 
 
 
673 aa  743    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  64.95 
 
 
654 aa  823    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
651 aa  803    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  51.17 
 
 
659 aa  647    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  60.87 
 
 
657 aa  807    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  52.17 
 
 
656 aa  669    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  61.34 
 
 
657 aa  804    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  62.35 
 
 
654 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  63.66 
 
 
654 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  60.31 
 
 
678 aa  755    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  62.65 
 
 
654 aa  826    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  63.94 
 
 
654 aa  827    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  58.36 
 
 
669 aa  768    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  61.96 
 
 
657 aa  822    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  61.34 
 
 
657 aa  813    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  61.96 
 
 
657 aa  822    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
657 aa  804    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
657 aa  804    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
657 aa  804    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
657 aa  804    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  61.49 
 
 
657 aa  804    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  56.69 
 
 
649 aa  738    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  61.86 
 
 
657 aa  820    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  100 
 
 
667 aa  1377    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  83.51 
 
 
665 aa  1137    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  74.36 
 
 
663 aa  1000    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  61.96 
 
 
657 aa  822    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  61.18 
 
 
657 aa  807    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  61.53 
 
 
662 aa  829    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  61.21 
 
 
677 aa  799    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  59.78 
 
 
676 aa  759    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  96.7 
 
 
667 aa  1317    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  62.88 
 
 
653 aa  803    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  54.08 
 
 
663 aa  698    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  63.55 
 
 
672 aa  822    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  99.85 
 
 
667 aa  1375    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  57.14 
 
 
645 aa  743    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  74.96 
 
 
663 aa  1037    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  49.85 
 
 
653 aa  629  1e-179  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  48.34 
 
 
654 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  50.94 
 
 
643 aa  610  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  50.94 
 
 
643 aa  610  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  50.38 
 
 
678 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  48.87 
 
 
678 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  50.15 
 
 
682 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  50.77 
 
 
687 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  50.77 
 
 
687 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  50.31 
 
 
684 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  48.54 
 
 
683 aa  588  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  48.83 
 
 
661 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  45.68 
 
 
730 aa  567  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  50.08 
 
 
598 aa  565  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  44.72 
 
 
737 aa  555  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  44.82 
 
 
730 aa  558  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  45.26 
 
 
719 aa  549  1e-155  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  41.74 
 
 
679 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  43.63 
 
 
679 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  41.77 
 
 
684 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  40.57 
 
 
679 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  39.78 
 
 
657 aa  476  1e-133  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  40.87 
 
 
643 aa  477  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  40.84 
 
 
679 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  42.18 
 
 
680 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  41.69 
 
 
680 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  41.26 
 
 
637 aa  457  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  40.19 
 
 
688 aa  456  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  37.11 
 
 
705 aa  451  1e-125  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  38.12 
 
 
632 aa  439  9.999999999999999e-123  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  42.06 
 
 
633 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  40.46 
 
 
640 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  38.53 
 
 
647 aa  441  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  40.03 
 
 
668 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  38.04 
 
 
651 aa  439  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  41.89 
 
 
644 aa  438  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  39.47 
 
 
654 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  38.6 
 
 
689 aa  395  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  37.31 
 
 
728 aa  393  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  38.01 
 
 
631 aa  395  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  39.69 
 
 
741 aa  392  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  37.31 
 
 
695 aa  389  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  34.7 
 
 
710 aa  363  7.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  36 
 
 
684 aa  349  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  30.28 
 
 
619 aa  281  4e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  30.63 
 
 
618 aa  277  6e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  29.68 
 
 
617 aa  271  4e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  29.25 
 
 
617 aa  269  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  29.28 
 
 
617 aa  267  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  29.09 
 
 
617 aa  266  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  29.09 
 
 
617 aa  266  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  29.09 
 
 
617 aa  265  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  28.77 
 
 
617 aa  260  6e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  28.39 
 
 
617 aa  258  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  27.93 
 
 
617 aa  258  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  28.21 
 
 
617 aa  252  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  27.81 
 
 
670 aa  162  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  25.22 
 
 
682 aa  159  1e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.62 
 
 
738 aa  152  2e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09189  squalene-hopene-cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00260)  34.14 
 
 
426 aa  138  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.178014 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  24.39 
 
 
720 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>