81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3537 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 419 aa  870    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  57.58 
 
 		 405 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  38.75 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.66 
 
 		 406 aa  230  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  35.16 
 
 		 410 aa  209  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  34.01 
 
 		 409 aa  204  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  34.6 
 
 		 400 aa  196  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  37.19 
 
 		 349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  29.93 
 
 		 434 aa  168  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  26.61 
 
 		 413 aa  113  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.26 
 
 		 412 aa  113  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 		 415 aa  99.8  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  29.54 
 
 		 386 aa  98.2  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  24.71 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.04 
 
 		 413 aa  87.4  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  22.62 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  32 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.76 
 
 		 528 aa  77.4  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  28.49 
 
 		 457 aa  76.3  0.0000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.72 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.85 
 
 		 427 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.63 
 
 		 411 aa  72.8  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  30.06 
 
 		 561 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  30.06 
 
 		 563 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  32.3 
 
 		 612 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  23.09 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  26.98 
 
 		 501 aa  66.2  0.0000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25.4 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 		 420 aa  62.4  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  28.06 
 
 		 464 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0272  type I restriction endonuclease S subunit  35.11 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 		 425 aa  60.1  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.37 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  33.08 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.8 
 
 		 446 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  26.17 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 457 aa  55.8  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 409 aa  56.2  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 409 aa  56.2  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.86 
 
 		 404 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  22.15 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.87 
 
 		 495 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.47 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  24.05 
 
 		 555 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.18 
 
 		 460 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.56 
 
 		 435 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.16 
 
 		 400 aa  53.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  22.34 
 
 		 448 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  28.38 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  35.53 
 
 		 423 aa  51.2  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  35.53 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.79 
 
 		 404 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  32.75 
 
 		 482 aa  50.8  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.68 
 
 		 492 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.4 
 
 		 456 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 		 414 aa  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  28.07 
 
 		 287 aa  47.4  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.22 
 
 		 413 aa  46.2  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.9 
 
 		 434 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.43 
 
 		 413 aa  45.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.93 
 
 		 413 aa  45.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  19.52 
 
 		 775 aa  45.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 453 aa  44.7  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.52 
 
 		 402 aa  45.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.17 
 
 		 422 aa  43.9  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  35.37 
 
 		 159 aa  43.9  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 		 451 aa  43.5  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  24.28 
 
 		 411 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  24.28 
 
 		 411 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.02 
 
 		 392 aa  43.1  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.55 
 
 		 422 aa  43.1  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>