More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3733 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
207 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  65.83 
 
 
199 aa  258  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.21 
 
 
171 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.09 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.54 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.52 
 
 
180 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
180 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.07 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.73 
 
 
169 aa  71.2  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.99 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  36.52 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  27.93 
 
 
173 aa  69.3  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.33 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  30.29 
 
 
179 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
169 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.07 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
165 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
173 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
160 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
169 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
169 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
171 aa  63.2  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  33.72 
 
 
169 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  39.66 
 
 
179 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
182 aa  62.4  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  31.07 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.05 
 
 
260 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  32.94 
 
 
169 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.18 
 
 
168 aa  62  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
175 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.91 
 
 
174 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
174 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.16 
 
 
187 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  31.43 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.77 
 
 
181 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.24 
 
 
168 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.7 
 
 
216 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
163 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.57 
 
 
188 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
167 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.74 
 
 
169 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.98 
 
 
169 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.54 
 
 
169 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.83 
 
 
195 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.19 
 
 
159 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.7 
 
 
171 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.04 
 
 
185 aa  58.5  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  28.74 
 
 
169 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.27 
 
 
374 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.27 
 
 
374 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.23 
 
 
194 aa  58.2  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.74 
 
 
172 aa  57.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.65 
 
 
183 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
189 aa  57.4  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
168 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 
167 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.07 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.17 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.82 
 
 
175 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30.77 
 
 
166 aa  57  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.53 
 
 
374 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.08 
 
 
189 aa  56.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.12 
 
 
164 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30.9 
 
 
172 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  29.7 
 
 
169 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  29.59 
 
 
168 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
175 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
168 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  28.92 
 
 
173 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
173 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
187 aa  55.8  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  28.92 
 
 
173 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  28.92 
 
 
173 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
176 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
186 aa  55.8  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  29.94 
 
 
181 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  28.92 
 
 
173 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
194 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  29.22 
 
 
165 aa  55.8  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
165 aa  55.8  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
169 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.82 
 
 
158 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
165 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 
168 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.43 
 
 
179 aa  55.1  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
172 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  35.45 
 
 
158 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
166 aa  54.7  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  31.06 
 
 
170 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.17 
 
 
170 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.09 
 
 
191 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.04 
 
 
158 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.83 
 
 
159 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
194 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>